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用于矩阵向量乘积的 Rcpp Parallel 或 openmp
我正在尝试对共轭梯度的朴素并行版本进行编程 所以我从简单的维基百科算法开始 我想改变dot products and MatrixVector产品通过其适当的并行版本 Rcppparallel 文档具有以下代码dot product使用并行
openmp
rcpp
matrixmultiplication
armadillo
rcppparallel
C++ 函数不可用
我有以下文件 cumsum bounded cpp include
r
rcpp
devTools
roxygen2
在 Rcpp 中按列对数据框排序
有没有简单的方法可以通过 RCpp 中的两列 或多列或一列 对 DataFrame 进行排序 网上有很多排序算法 或者我可以使用std sort带有 DataFrame 的包装器 但我想知道 RCpp 或 RCppArmadillo 中是否
r
rcpp
R 数据框的实际限制
我一直在阅读有关 read table 对于大型数据文件如何效率不高的信息 另外 R 不适合大型数据集 所以我想知道在哪里可以找到实际限制以及任何性能图表 1 读取不同大小的数据 2 处理不同大小的数据 实际上 我想知道性能何时恶化以及何时
r
performance
DataFrame
rcpp
Rcpp 相当于 rowsum [关闭]
很难说出这里问的是什么 这个问题是含糊的 模糊的 不完整的 过于宽泛的或修辞性的 无法以目前的形式得到合理的回答 如需帮助澄清此问题以便重新打开 访问帮助中心 help reopen questions 我正在寻找 R 函数的快速替代方案r
c
r
Eigen
rcpp
armadillo
Rcpp函数检查是否缺少值
我正在将基于 R 的代码转换为基于 Rcpp 的代码 我的函数的头部是 NumericMatrix createMatrixOfLinkRatiosC NumericMatrix matr double threshold4Clean in
r
rcpp
使用 ClusterEvalQ 编译 Rcpp 函数
我正在开发一个需要在 R 中进行并行处理的项目 并且我是 doparallel 包的新手 我想做的是使用并行的 foreach 循环 由于问题的性质 这个 foreach 循环需要执行多次 我遇到的问题是我在循环中使用 cppfunctio
r
parallelprocessing
rcpp
使用内联 Rcpp 从全局环境中读取变量?
我按照 Rcpp 介绍 Vignette 中的示例 尝试使用内联 f lt cxxfunction signature plugin Rcpp body Environment global Environment global env s
r
rcpp
R的sum()和Armadillo的accu()之间的区别
R的结果存在微小差异sum 函数和 RcppArmadillo 的accu 当给定相同的输入时函数 例如 以下代码 R vec lt runif 100 0 0 00001 accu vec sum vec C Rcpp depends R
c
r
precision
rcpp
armadillo
如何链接到 boost date_time
Example 我有一个 Rcpp 函数 我想调用它boost posix time time from string 我从以下位置获取了示例代码增强文档 https www boost org doc libs 1 65 0 doc ht
r
rcpp
boostdatetime
Rcpp 函数比 Rf_eval 慢
我一直在开发一个包 它使用 Rcpp 在一组大型医学成像文件上应用任意 R 代码 我注意到我的 Rcpp 实现比原始的纯 C 版本慢得多 我追踪了通过 Function 调用函数与原始 Rf eval 的区别 我的问题是为什么性能会下降近
r
rcpp
加速 RcppArmadillo:如何链接到 R 包中的 OpenBlas
我正在开发一个使用 RcppArmadillo 的 R 包 我正在尝试利用 OpenBLAS 中更快的矩阵乘法 在里面文档 http arma sourceforge net faq html blas lapack replacement
c
r
rcpp
在 Rcpp 中的另一个 cpp 文件中定义的函数中使用一个 cpp 文件中定义的函数
我有一个名为的 C 函数add文件中定义add cpp 内容add cpp below include
r
rcpp
Rcpp/RcppArmadillo:根据位置从向量中删除非连续元素
假设我有一个向量 2 4 6 8 10 我需要删除第二个and该向量的第四个元素 所需的结果向量应为 2 6 10 这在 R 中很容易实现 v1 lt c 2 4 6 8 10 v1 c 2 4 但是我如何在 Rcpp RcppArmadi
r
vector
rcpp
如何向 RCpp 中的数据框添加新列?
我正在尝试使用 RCpp 向数据框添加新列 在下面的代码中 我打算向数据框 df 添加一个 结果 列 但运行代码后数据集没有 结果 列 你能告诉我他们出了什么问题吗 R 文件调用 AddNewCol 函数 library Rcpp sour
r
rcpp
Rcpp:错误:与请求的类型不兼容
我有这个 C 代码 include
r
rcpp
当 R 编译要在包中使用的 C++ 代码时,如何将标志传递给 R?
我正在尝试在 R 包中使用 OpenCV 中的一些代码 并使用 Rcpp 来构建包 当我在我的机器上编译c代码时 它工作正常 例如 我在本地使用以下语法来编译facedetect cpp代码 g pkg config cflags open
c
r
opencv
rcpp
使用内联和 Rcpp 调用 R 函数仍然与原始 R 代码一样慢
我需要评估一个需要长循环的函数 后验分布 显然我不想在 R 本身中执行此操作 因此我使用 inline 和 Rcpp 来实现 C 但是 我发现在每个循环都使用 R 函数的情况下 cxx 函数的运行速度与运行 R 代码一样慢 请参阅下面的代码
r
inline
rcpp
R 重新编译包失败,因为失败
在我的 Linux 集群上 我在重新编译需要重新编译的 R 包时遇到问题 随着去除libRcpp so在最新版本中 最终目标是 让 R 包 DEseq2 运行 我们已经安装了新版本 g 中的 opt bin目录中有新库 opt lib64
r
rcpp
与逻辑语句匹配的 Rcpp 矩阵的子集
在 R 中 如果我们有一个数据矩阵 比如一个 100 x 10 矩阵 X 以及一个具有可能值 0 1 2 3 的 100 元素向量 t 我们可以使用简单的方法轻松找到 X 的子矩阵 y句法 y X t 1 但是 问题是 我如何使用 Rcpp
c
r
rcpp
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