是否可以提交一系列不同的工作来进行 slurm ？

例如，我有一个名为myScript那个过程one输入文件，我有一个文件名列表。也就是说，我需要运行

$ myScript <filename>

对于存储在 a 中的文件名列表filenames.txt.

分配我在 Slurm 中找到的工作的唯一方法是指定-n参数，它会复制您的命令或批处理脚本。但请注意，我需要将一个可变参数传递到每次运行中。在 Slurm 中可以这样做吗？

我目前的解决方案是发射大量sbatch脚本，每个都有一个指定的<filename>。然而，这样squeue将显示我的很多工作，但恐怕其他用户会对此不悦。

一种选择是使用作业数组。准备一个两行提交（未经测试）脚本，如下所示：

#! /bin/bash
#SBATCH --array=1-<number of lines in filenames.txt>
myScript "$(tail -n+$SLURM_ARRAY_TASK_ID filenames.txt | head -n1)"

并提交sbatch mySubmissionScript.sh。它将创建一个作业数组 http://www.schedmd.com/slurmdocs/job_array.html文件中每行一个作业，正在运行myScript在行写入的文件上SLURM_ARRAY_TASK_ID。你只需要更换<number of lines in filenames.txt>文件中的实际行数由下式给出wc -l filenames.txt例如。

作业数组在 Slurm 的输出中以压缩形式显示squeue命令，所有挂起的作业仅显示为一行。您还可以限制同时运行的作业数量

--array=1-16%4

然后，Slurm 一次只允许该阵列中的 4 个作业。