MCMCglmm 中 “trait” 的意思

2023-12-26

Like in 这个帖子 https://stats.stackexchange.com/questions/156683/when-and-why-do-i-have-to-use-trait-for-multinomial-multilevel-models-with-mcm我正在为以下的符号而苦苦挣扎MCMCglmm,特别是什么意思trait。我的代码如下

library("MCMCglmm")

set.seed(123)
y <- sample(letters[1:3], size = 100, replace = TRUE)
x <- rnorm(100)
id <- rep(1:10, each = 10)
dat <- data.frame(y, x, id)

mod <- MCMCglmm(fixed = y ~ x, random = ~us(x):id,
            data = dat,
            family = "categorical")

这给了我错误消息For error structures involving catgeorical data with more than 2 categories pleasue use trait:units or variance.function(trait):units.(!原文如此)。如果我通过以下方式生成二分数据letters[1:2],一切都会很好。那么,此错误消息的一般含义和具体的“特征”含义是什么?


2016年9月29日编辑: From 链接的问题 https://stats.stackexchange.com/questions/156683/when-and-why-do-i-have-to-use-trait-for-multinomial-multilevel-models-with-mcm我复制了rcov = ~ us(trait):units进入我的召唤MCMCglmm。并从https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2010q3/004006.html https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2010q3/004006.html我采取了(并稍微修改了)之前的list(R = list(V = diag(2), fix = 1), G = list(G1 = list(V = diag(2), nu = 1, alpha.mu = c(0, 0), alpha.V = diag(2) * 100)))。现在我的模型实际上给出了结果:

MCMCglmm(fixed = y ~ 1 + x, random = ~us(1 + x):id, 
         rcov = ~ us(trait):units, prior = prior, data = dat,
         family = "categorical")

但我仍然缺乏理解这是什么意思trait(以及什么由units和先验的符号,以及什么是us()相比idh()和 ...)。

2016年11月17日编辑:我认为trait一般而言是“目标变量”或“响应”的同义词或y在这种情况下。在公式中random左边什么都没有~ “因为响应是从固定效应规范中得知的。” ftp://cran.r-project.org/pub/R/web/packages/MCMCglmm/vignettes/CourseNotes.pdf所以指定背后的理由rcov needs trait:units可能是它已经由fixed公式,什么trait is (y在这种情况下)。


units是响应变量值,并且trait是响应变量名称,对应于类别。通过指定rcov = ~us(trait):units,您允许残差方差在“特征”(响应类别)之间具有异质性,以便估计残差方差-协方差矩阵的所有元素。

在 Hadfield 的 MCMCglmm 课程笔记第 5.1 节中(vignette("CourseNotes", "MCMCglmm"))你可以阅读保留变量的解释trait and units.

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