如何绘制大时间序列(数千次给药次数/药物剂量)?

2024-05-17

我正在尝试绘制医院中如何开出单一药物的图解。在这个虚拟数据库中,我在 2017 年 1 月 1 日之后遇到了 1000 名患者。

绘图的目的是了解该药物的给药模式:在接近入院、出院或患者住院期间是否更频繁/高剂量给药。

#Get_random_dates that we will use multiple times
gen_random_dates <- function(N, st, et) {
st <- as.POSIXct(as.Date(st))
et <- as.POSIXct(as.Date(et))
dt <- as.numeric(difftime(et,st,unit="sec"))
ev <- runif(N, 0, dt)
rt <- st + ev
return(rt)
}

#Generate admission and discharge dates
admission <- gen_random_dates(1000, "2017/01/01", "2017/01/10")
discharge <- gen_random_dates(1000, "2017/01/11", "2017/01/20")
patient <- sort(sample(1:1000, 1000))
patient_data <- data.frame(patient_ID = patient, admission_date = admission, discharge_date = discharge)

#Grow the database
patient_data <- patient_data[sort(sample(1000, 100000, replace=TRUE)), ] 

#Medication admin date and dose
patient_data$admin_date <- gen_random_dates(100000, patient_data$admission_date, patient_data$discharge_date)
patient_data$admin_dose <- abs(as.integer(rnorm(100000, 50, 100)))

我尝试了这个 ggplot 函数,但它没有帮助我可视化该模式。

ggplot(patient_data, aes(x = admin_date, y = admin_dose)) +
  xlab("Use of Drug in Patient Encounters") + ylab("Dose (mg)") +
  geom_jitter()

ggplot


如果浏览器是可接受的目标,一个选择是尝试ggplotly https://www.rdocumentation.org/packages/plotly/versions/4.7.1/topics/ggplotly它可以进行平移/缩放,对于包含大量数据的时间序列很有帮助。 (免责声明,我是plotly.js维护者。)除此之外,还有一个到plotly.js 的常规 R API https://plot.ly/r/。 Plotly 的绘图可以可视化许多点或线,这不仅是由于缩放/平移,而且在某些绘图类型中,还需要 WebGL 的支持,这可以是快多了 https://plot.ly/r/compare-webgl-svg/.

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