在Rcpp中编译多个源文件

2024-05-07

我有以下目录结构

my_func
    - my_func_r.cpp
    - my_func.c
    - my_func.h
    - my_func_test.c
    - matrix/
      - matrix.h
      - matrix.c

The matrix目录包含一些矩阵结构matrix.h以及一些初始化、免费、打印等功能matrix.c. The my_func.h文件是这样的

#include <math.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include "matrix/matrix.h"

... some structures and templates ...

The my_func.c文件然后是

#include "my_func.h"

... helper functions ...

int my_func(...) {
    ... my_func stuff ...     
    return 0;
}

The my_func_test.c是这样的

#include "my_func.h"

int main() {
    ... some test ...
    return 0;
}

With gcc/g++我可以运行这个罚款

gcc my_func_test.c my_func.c matrix/matrix.c -o test -lm

最终文件my_func_r.cpp是一个接口之间的Rcpp结构和所使用的结构my_func.c。目前是这样的

#include "my_func.h"
#include <Rcpp.h>

// [[Rcpp::export]]
int my_func_r(Rcpp::List x, ...) {
    ... convert inputs to structure recognised by my_func.h ...       
    ... run my_func.c ...
    ... put returned objects back into one of the R structure ...

    return 0;
}

我遇到的问题是如果我现在跑

sourceCpp('my_func_r.cpp', verbose=TRUE, rebuild=TRUE)

它抱怨位于以下位置的函数缺少符号matrix/matrix.c。解决方法是简单地粘贴我的所有标题和源代码my_func and matrix文件位于顶部my_func_r.cpp.

然而,这感觉是一个非常不令人满意的解决方案,特别是对于代码维护而言。完成我想做的事情的最简单方法是什么?


快速的:

  1. 这并不是 Rcpp 特有的per se
  2. 您只是在努力解决更高级/复杂的问题src/R 构建中的目录。
  3. 在编写 R 扩展中有关于此的官方文档,并且之前已经在此处提出过问题。
  4. You could编译一个libmatrix.a首先在子目录中并链接到该目录。这可以通过一个简单的src/Makevars but 仍然灰心丧气。请继续阅读。
  5. 但这是自伤。只需复制matrix.h and matrix.c into src/,调整包含路径,就完成了。
  6. 一如既往:创建一个包。不要使用sourceCpp()在更大的设置上。这是not为此,
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