R Doplot() 坐标定位器()

我绘制了 2 个 fasta 序列的点图（使用 seqinr 包中的 dotPlot()），我需要从图中提取一些值 (x,y)。 Dotplot() 输出是图像 通用点图可能就是这个

例如，我需要局部对齐的开始和结束值，由紫色线表示所以这里有一个例子

l=30
seq1 <- paste(sample(c("A","G","T","C"), l, repl=TRUE)) 
seq2 <- paste(sample(c("A","G","T","C"), l, repl=TRUE)) 

dotPlot(seq1,seq2, wsize = 2, wstep = 1, nmatch = 2, col = c("white", "green"), xlab = deparse(substitute(seq1)), ylab = deparse(substitute(seq2)))

  locator(n=2, type="p")
$x
[1] 27.18720 31.23263

$y
[1] 20.45222 24.65726

所以我想要两个圆圈点的确切位置，正如你所看到的locator()给出十进制值 . 我可能会用ceiling() or round()但我可能会得到一个近似错误

我需要我点击的点的整数值，基本上是距离该地点最近的点

可以完美使用identify()，它适用于“正常”图，并返回一个与您的“点击”最接近的绘制值的向量，但它不适用于 dotPlot() 输出（问题似乎是它不适用于图像输出为 locator() )

任何可能的解决方案都将受到欢迎，包括在 shell 或 python 中使用 dotter。谢谢

正如你所提到的Identify不起作用，因为它需要绘图而不是图像。也许解决方案是调用image after plot(type="n",..)但这需要改变dotPlot函数源代码。另一个优雅的解决方案是使用lattice包装和panel.identify网格等效于identify.

这是一个例子，我选择了一些点（6 -> 15）：

library(lattice)
dotplot(y~x,data.frame(x=letters,y=letters))
trellis.focus("panel", 1, 1)
> panel.identify()
 [1]  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15