如何在 Linux (Red Hat/CentOS) 上更新到特定 R 版本，并保留以前的版本？

也许更准确的标题是：“如何在 Linux (Red Hat/CentOS) 上从就地 (EPEL) R 安装切换到并行（特定于版本）R 安装？

一个（可能是典型的）在 Linux 上升级 R 的故事......

History:

在过去的某个时刻，我使用由 RHEL/CentOS 7 服务器下拉的默认版本更新了 R 版本yum当时的包管理器。例如，sudo yum install R在 2019 年初的某个时候更新到版本 3.5.2。默认情况下，这会将 R 安装在/usr/lib64/R适用于所有用户，并完全替换之前安装的 3.4.x 版本。 Shiny Server 已安装，配置为以用户身份运行shiny，并且它顺利地获取了新版本的 R。

情况：

一年后，现在是时候硬着头皮更新 Linux 服务器上运行的 R 版本了。跑步yum check-upgrade R我发现可用的版本是3.6.0。我实际上想安装 3.6.3 并且不想破坏在 3.5.2 上运行的所有应用程序，因此我需要使用不同的方法。按照位于以下位置的说明进行操作：https://docs.rstudio.com/resources/install-r/ https://docs.rstudio.com/resources/install-r/，我下载了 3.6.3 .rpm 文件并安装它。默认情况下，这会将 R 安装在/opt/R/3.6.3/，保留 3.5.2 版本不变。然而，一旦我完成了创建 R 的符号链接 https://docs.rstudio.com/resources/install-r/#create-a-symlink-to-r步骤，我的闪亮应用程序都不起作用：

sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /usr/local/bin/R  
sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript  

这并不奇怪。我的闪亮应用程序都依赖于尚未为这个新版本的 R 安装的几个 R 软件包。通过删除这些符号链接，我可以快速让我的应用程序在以前的版本 (3.5.2) 上再次运行，直到我安装了新版本中必要的包：

sudo rm /usr/local/bin/R  
sudo rm /usr/local/bin/Rscript 

我闪亮的应用程序日志文件中的错误消息（位于/var/log/shiny-server/<app name>-<user>-<datetime>.log）确认应用程序由于缺少软件包而无法启动。要更新共享库文件夹中的 R 包，我需要以 sudo 运行新版本的 R：sudo -i /opt/R/3.6.3/bin/R并安装必要的软件包，例如install.packages(c("shiny","devtools","rmarkdown","shinydashboard","tidyverse")) in R.

现在 R 包已安装，我可以重新创建符号链接：

sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /usr/local/bin/R  
sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript  

我验证我的应用程序是否可以与新版本的 R 配合使用。

现在我有一些问题：

问题一：完成这些步骤后，R --version仍然返回旧版本（3.5.2）。但是当我第二天重新登录时，它打开了3.6.3。为什么？我需要运行终端命令才能获取R --version立即返回新版本还是打开新的终端窗口是实现此目的的唯一方法？

问题2：跑步sudo R --version始终返回旧版本 (3.5.2)。跑步sudo which R回报/bin/R。跑步more /bin/R显示的内容表明它是“R 可执行文件的 Shell 包装器”。并硬编码了“/usr/lib64/R”路径。我认为目前我不需要这个包装纸。让这些 sudo 命令指向新版本的推荐方法是什么？

我可以在我的主目录中创建该文件的备份副本（例如，cp /bin/R ~/binR.backup）以防万一，然后：

• 删除/bin/R？
• 将 /bin/R 替换为新版本的符号链接（例如，sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /bin/R)?
• 将“旧”版本重新安装到/opt/R/3.5.2/使用 .rpm 的方式与我安装 3.6.3 的方式相同，在那里安装软件包，然后删除/usr/lib64/R版本（例如，sudo yum remove R)?

我看过但没有回答我的问题的类似问题的链接：

1. 如何在 Linux 中升级 R https://stackoverflow.com/questions/46214061/how-to-upgrade-r-in-linux
2. 更改 Linux 中的路径 https://stackoverflow.com/questions/28333183/change-path-in-linux
3. 如何在 Linux 中加载特定版本的 R https://stackoverflow.com/questions/26897335/how-can-i-load-a-specific-version-of-r-in-linux

问题一：我不知道为什么，但是在你的 PATH 上有多个版本的 R 可能会导致像这样的意外情况。/usr/local/bin通常领先于/usr/bin在 PATH 中，所以我希望能找到 R 3.6.3。也许这与问题2有关。

问题2：一些发行版（如 CentOS/RHEL）不放置/usr/local/bin使用 sudo 时默认位于 PATH 上。看https://unix.stackexchange.com/questions/8646/why-are-path-variables- Different-when-running-via-sudo-and-su https://unix.stackexchange.com/questions/8646/why-are-path-variables-different-when-running-via-sudo-and-su了解详情。那里的答案描述了几种添加方法/usr/local/bin使用 sudo 时的 PATH -- 例如，修改secure_path in /etc/sudoers包括/usr/local/bin like:

Defaults    secure_path = /usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin

由于 R 3.6.3 在 PATH 中位于默认系统 R 之前，因此您不必删除/bin/R or /usr/bin/R。但最终，我建议以相同的方式安装多个并行版本的 R，使用https://docs.rstudio.com/resources/install-r/ https://docs.rstudio.com/resources/install-r/，因此更容易管理。下次安装新的 R 版本时，只需替换其中的符号链接即可/usr/local/bin。默认系统 R（来自 EPEL）是系统上唯一的 R，具有就地升级功能。

如果您想用并行的 R 3.5.2（或 3.5.3）替换默认的 R 3.5.2，您可以从以下位置安装 R 3.5：https://docs.rstudio.com/resources/install-r/ https://docs.rstudio.com/resources/install-r/，安装所有必需的软件包，并让 Shiny Server 使用新的 R 3.5。然后从 EPEL 卸载 R (R-core or R-core-devel）以完全切换。从那里，您甚至可以创建到 R 的符号链接/usr/bin代替/usr/local/bin，并且不用担心添加/usr/local/bin到 sudo 路径。