R:如何读取列线图来预测所需的变量

2024-02-11

我正在使用 Rstudio。我使用函数创建了列线图nomogram从包装中rms使用以下代码(从示例代码复制文档 http://www.inside-r.org/packages/cran/rms/docs/nomogram):

library(rms)
n <- 1000    # define sample size
set.seed(17) # so can reproduce the results
age            <- rnorm(n, 50, 10)
blood.pressure <- rnorm(n, 120, 15)
cholesterol    <- rnorm(n, 200, 25)
sex            <- factor(sample(c('female','male'), n,TRUE))


# Specify population model for log odds that Y=1
L <- .4*(sex=='male') + .045*(age-50) +
  (log(cholesterol - 10)-5.2)*(-2*(sex=='female') + 2*(sex=='male'))
# Simulate binary y to have Prob(y=1) = 1/[1+exp(-L)]
y <- ifelse(runif(n) < plogis(L), 1, 0)


ddist <- datadist(age, blood.pressure, cholesterol, sex)
options(datadist='ddist')


f <- lrm(y ~ lsp(age,50)+sex*rcs(cholesterol,4)+blood.pressure)
nom <- nomogram(f, fun=function(x)1/(1+exp(-x)),  # or fun=plogis
    fun.at=c(.001,.01,.05,seq(.1,.9,by=.1),.95,.99,.999),
    funlabel="Risk of Death")
#Instead of fun.at, could have specified fun.lp.at=logit of
#sequence above - faster and slightly more accurate
plot(nom, xfrac=.45)

Result: enter image description here

此代码生成列线图,但没有连接每个尺度(称为等值线)的线来帮助从图中预测所需的变量(“死亡风险”)。通常,列线图具有用于预测的等值线(维基百科的例子 https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/47/Parallel_Scale_Nomogram.svg/400px-Parallel_Scale_Nomogram.svg.png)。但是在这里,我如何预测变量值呢?

EDIT:

从文档中:

列线图没有代表总和的线,但有 读取得分的参考线(默认范围 0--100)。一次 读者手动计算分数,预测值可以是 请阅读底部。

我不明白这一点。从点的比例来看,预测似乎应该在没有等值线的情况下完成。但如何呢?有人可以详细说明这个示例,说明如何读取列线图来预测所需的变量吗?多谢!

编辑2(仅供参考):

在赏金的描述中,我谈论的是等值线。当开始赏金时,我不知道nomogram函数不提供等值线,而是提供点比例。


从文档来看,列线图用于手动获取预测:

在图的顶部(超过总分)

  • 您为患者的每个变量绘制一条垂直线(例如年龄=40、胆固醇=220(性别=男性)、血压=172)
  • 然后将您在分值表上读取的三个值 (40+60+3=103) 相加即可获得总分。
  • Finally you draw a vertical line on the Total Points scale (103) to read the Risk of death (0.55). enter image description here
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