R 中一列数据的热图

2024-01-04

现在我有一列数据,超过 500 行。

#example
df <- data.frame(
  City = c("New York", "LA", "DC", "Boston", "Chicago"),
  Data = c(780, 982, 111, 893, 989)

我想构建一个热图,但我只有一个变量,即城市。 我可以将此列拆分为多列并创建热图吗?

我是 R 新手,在网上找不到任何答案。

提前致谢!


诀窍是使用 cbind 复制单列并绘制...

library(gplots)
df <- data.frame(
  City = c("New York", "LA", "DC", "Boston", "Chicago"),
  Data = c(780, 982, 111, 893, 989)
)

heatmap.2(cbind(df$Data, df$Data), trace="n", Colv = NA, 
          dendrogram = "row", labCol = "", labRow = df$City, cexRow = 0.75)

将数据包装为 5 x 2(或 100)的示例

请注意,我完全关闭了树状图,因为任何排序都是毫无意义的。

heatmap.2(matrix(df$Data, ncol = 2), trace="n", Colv = FALSE, Rowv=FALSE,
      cellnote = matrix(df$City, ncol = 2), notecol = 1, scale = "none",
      dendrogram = "none", labCol = "", labRow = "", cexRow = 0.75)

labRow:设置行标签(使用""对于没有标签的情况)
cellnote:设置单元格标签(如果需要单元格标签请删除此参数)
col:设置调色板。我的建议是使用预定义的调色板colorspace, RColorBrewer or colorRamps。 一些建议:

col=col=colorspace::sequential_hcl(15)
col=col=RColorBrewer::brewer.pal(9, "BuGn"
col=colorRamps::ygobb(25)

请参阅此链接 https://www.nceas.ucsb.edu/%7Efrazier/RSpatialGuides/colorPaletteCheatsheet.pdf有关 R 调色板的更多信息

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