计算 R 中矩阵的成对差异数

2024-01-04

我有以下矩阵:

0 1 0 0 0 1 0 0   # Row A
0 1 0 0 0 0 1 0   # Row B
0 1 0 0 0 0 0 0   # Row C
0 0 1 0 0 0 0 0   # Row D

我想制作一个新的矩阵,显示每行之间的成对差异(例如,行 A 和 B 之间,有 2 列不同,因此矩阵中对应于 A 和 B 的条目是 2)。像这样:

   A B C D
A  - 2 1 3
B  - - 1 3
C  - - - 2
D  - - - -

矩阵并不是绝对必要的。这只是我真正想做的事情的中间步骤:计算原始矩阵中每行之间的成对差异的数量,如下所示......

(2+1+3+1+3+2) = 12


你可以尝试combn

 v1 <- combn(1:nrow(m1), 2, FUN=function(x) sum(m1[x[1],]!= m1[x[2],]))
 v1 
 #[1] 2 1 3 1 3 2
 sum(v1)
 #[1] 12

如果您需要一个matrix output

m2 <- outer(1:nrow(m1), 1:nrow(m1), FUN=Vectorize(function(x,y)
           sum(m1[x,]!=m1[y,])))

dimnames(m2) <- rep(list(LETTERS[1:4]),2)
m2[lower.tri(m2)] <- 0
m2
#  A B C D
#A 0 2 1 3
#B 0 0 1 3
#C 0 0 0 2
#D 0 0 0 0

data

 m1 <- structure(c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 
 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 
 0L, 0L, 0L), .Dim = c(4L, 8L))
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