我正在尝试根据我的数据创建一个系统相关图phyloCorrelogram来自phylosignal包以测试系统发育信号的存在。我的数据在所谓的phylo4d格式并被称为tree.
现在，当我跑步时phyloCorrelogram(tree)，我返回以下错误：
library("phylobase")
library("ape")
library("phylosignal") # contains phyloCorrelogram()
> phyloCorrelogram(tree, ci.bs = 10, n.points = 10)
Error in boot::boot(X, function(x, z) moranTest(xr = x[z], Wr = prop.table(Wi[z, :
no data in call to 'boot'
我已经在互联网上进行了详细的搜索，以寻找解决此问题的方法，但没有成功。
由于我使用的数据维度太大，无法在此发布，因此我已将数据发布在.rda格式化于dropbox http://dropbox.com/s/rnd62umvrom1n5i/tree.rda?dl=0.
有谁知道其中的缺陷吗？
您没有与您的树关联的数据。您的树是一个 phylo4d 对象，它具有“树”信息，但没有附加数据。你需要这样的东西
library(phylobase)
g1 <- as(geospiza_raw$tree, "phylo4")
geodata <- geospiza_raw$data
g2 <- phylo4d(g1, geodata)
pc <- phyloCorrelogram(g2)
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