如何从 R 中的 nls 获取绘图?

2023-12-14

在 R 中,我使用 nls 进行非线性最小二乘拟合。那么如何使用拟合提供的系数值绘制模型函数呢?

(是的,这是一个very来自 R 相关新手的天真问题。)


使用第一个例子?nls按照我逐行指出的示例,可以实现以下目标:

#This is just our data frame
DNase1 <- subset(DNase, Run == 1)
DNase1$lconc <- log(DNase1$conc)
#Fit the model
fm1DNase1 <- nls(density ~ SSlogis(lconc, Asym, xmid, scal), DNase1)

#Plot the original points
# first argument is the x values, second is the y values
plot(DNase1$lconc,DNase1$density)

#This adds to the already created plot a line
# once again, first argument is x values, second is y values
lines(DNase1$lconc,predict(fm1DNase1))

The predict的方法nls参数自动返回拟合的y价值观。或者,您添加一个步骤并执行

yFitted <- predict(fm1DNase1)

并通过yFitted在第二个参数中lines反而。结果如下:

enter image description here

或者,如果您想要一条“平滑”曲线,您要做的就是简单地重复此操作,但在更多点上评估函数:

r <- range(DNase1$lconc)
xNew <- seq(r[1],r[2],length.out = 200)
yNew <- predict(fm1DNase1,list(lconc = xNew))

plot(DNase1$lconc,DNase1$density)
lines(xNew,yNew)
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