TL;DR：python版本冲突，我认为我下载并编译的python（3.6）无法使用这个包（libmysqlclient-dev）来迁移到mysql。只有系统默认的python（3.4）可以。
我的 ubuntu 服务器附带了 python 3.4，我所有的 django 工作和其他工作都依赖于 3.6。我了解到升级系统 python 是一个坏主意，所以我编译了 python 3.6 (altinstall).
当我跑的时候python3.6 manage.py migrate它给了我这个 mysql 错误：
_mysql_exceptions.ProgrammingError: (1064, "您的 SQL 语法有错误；请检查与您的 MySQL 服务器版本对应的手册，以了解在第 1 行 '(6) NOT NULL)' 附近使用的正确语法")
我尝试了虚拟环境和普通的 python 3.6，都给出了相同的错误，并且我确保libmysqlclient-dev and mysqlclient已安装。
as 这个答案表明，问题在于libmysqlclient-dev因为它是通过安装的apt-get not pip所以我猜它只与默认的python（系统自带的3.4）兼容，或者我编译的python 3.6不允许使用它，因为当我用python3.4（系统默认的）创建一个虚拟的django项目并尝试时python3.6 manage.py migrate在同一个用户的同一个mysql数据库上，它工作了！
再次：我的问题是手动编译的 python 3.6 无法使用libmysqlclient-dev已安装apt-get，只有3.4可以
参考：Django MySQL 迁移时出错
UPDATE我想出了一个解决办法，但效率不高。我将 Django 降级到 2.0.9 并且它（python manage.py migrate）工作了。但使用不同的包可能会再次出现此问题。
Django 2.1.* 需要 MySQL 5.6 或更高版本。它通过映射破坏了兼容性DateTimeField to datetime(6).
您可以修补 Django MySQL 数据类型映射器。把这个放在你的顶部settings.py
from django.db.backends.mysql.base import DatabaseWrapper
DatabaseWrapper.data_types['DateTimeField'] = 'datetime' # fix for MySQL 5.5
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