今天遇到了这个问题，明明我git clone到的目录并没有存在，但还是一直报这个错。上github找到了这个issue，解决了我的问题：https://github.com/junegunn/vim-plug/issues/556#issuecomment-262787368
原因可能是你的windows上已经安装了git，cygwin一直在使用windows上的git。我们可以通过以下指令来查询cygwin使用的git版本：
git --version如果返回信息里面带有windows字样的话，那么cygwin就在使用windows上的git。
git version 2.10.1.windows.1现在我们使用cygwin的包管理工具或者apt-cyg来安装cygwin自己的git：
安装后再查询git版本，输出中应该不再含有windows字样。
此时再使用vundle安装插件，应该不再报错😀😀😀
最后附上我为cygwin配置的.vimrc中的vundle部分：
" vundle
set nocompatible
filetype off
set rtp+=~/.vim/bundle/vundle/
call vundle#rc()
Bundle 'gmarik/vundle'
Bundle 'https://hub.fastgit.org/itchyny/vim-cursorword.git'
Bundle 'https://hub.fastgit.org/ntpeters/vim-better-whitespace'
Bundle 'https://hub.fastgit.org/vim-airline/vim-airline'
filetype plugin indent on