PyMol和Chimera的功能类似,据说Chimera难学一点,那就先从PyMol开始吧!
1. Wizard--demo
先了解PyMol可以展示什么。Wizard--demo--representations。线型,棒状,球体,表面,网,点,带型和卡通。右边偏下的Demonstrations工具栏里,可以一次点击认识一下。
2. 导入PDB文件
三种打开PDB的方法:File--open 已经下载好的PDB文件;File--Get PDB,输入4字母PDB code,下载PDB文件;在命令框里输入fetch PDB的4字母。
PDB文件储存的地方。双击PDB文件打开PyMol,工作路径为该PDB文件所在文件夹。直接打开PyMol,工作路径为PyMol的安装文件夹。File--Working Directory可查看当前工作路径。
3. 对象展示
右侧中部对象工具栏,A--Action,S--Show,H--Hide,L--Label,C--Color。可以对object进行非常多操作,自己试试看。点击object名字,灰色展示,黑色隐藏,跟PS有些类似。
4. 鼠标操作
按住左键拖拽--旋转调整object展示角度。
按住滚轮拖拽--移动object在视野中的位置。
滑动滚轮--切割object,展示不同景深的层。
按住右键拖拽--调整object大小。
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