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1.解决迭代修改key的报错问题

2.将字典存入yaml文件中

本次工作的内容是将yaml文件中的key值进行修改并存入新的yaml文件。

1.解决迭代修改key的报错问题

字典中的key是不能通过循环修改的，会报错：

RuntimeError: dictionary changed size during iteration

所以我们可以通过创建一个新的键值对，并删除原来的键值对来修改key：

def convert(org_dict):

    for key, value in list(org_dict.items()):

        #替换key
        old_key = key

        #定义新的key
        key  = smiles2selfies(key)

        #给key赋值
        org_dict[key] = value

        #删掉原来的key
        del org_dict[old_key]


    return org_dict
out = convert(data)

这样我们就可以循环的对key进行修改了。

2.将字典存入yaml文件中

首先用  yaml.safe_load(file_data)  获取yaml中字典格式的数据。

import yaml

file = open('/30t/lzj/drug/mol_opt/main/reinvent_selfies/results/results_reinvent_selfies_qed_0.yaml', 'r', encoding="utf-8")

#读取文件中的所有数据

file_data = file.read()

file.close()

#指定Loader

# data = yaml.load(file_data,Loader=yaml.FullLoader)
data = yaml.safe_load(file_data)

再将修改完的字典存入yaml文件

import os

"""
如果没有指定输出文件夹，就创建一个文件夹
sys.path.append(os.path.realpath(__file__))
path_main = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
if output_dir is None:
        output_dir = os.path.join(path_main, "results")
"""

output_dir = ("/30t/lzj/drug/mol_opt/main/reinvent_selfies/results/")
output_file_path = os.path.join(output_dir, 'new2_results_' + "SELFIES" + '.yaml')

#对输出的字典进行排序，排序依据为value的第一个值的大小
#kv[1][0]中的第一个位置 1 表示字典中的value，0表示key；第二个位置的 0 表示第一个位置的值，1 表示第二个位置的值
result = dict(sorted(data.items(), key=lambda kv: kv[1][0], reverse=True))

with open(output_file_path, 'w') as f:
            #sort_keys表示是否按照key排序，此处我们选择False
            yaml.dump(result, f, sort_keys=False, default_flow_style=False)