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FastQC原始安装

2023-05-16

1、下载fastqc
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
2、解压
unzip fastqc_v0.11.5.zip

3、 给予执行权限，否则执行的时候会显示没有权限
cd FastQC
chmod 755 fastqc

4、加入到PATH
export PATH=/home/h/FastQC/:$PATH

5、测试
fastqc --help
使用例子
fastqc -o ./tmp.result/fastQC/ -t 6 ./tmp.data/fastq/H1EScell-dnase-2014-GSE56869_20151208_SRR1248176_1.fq

-o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径，生成的报告的文件名是根据输入来定的

-t --threads 选择程序运行的线程数，每个线程会占用250MB内存，越多越快咯

FastQC的报告介绍
整个报告分成若干个部分。合格会有个绿色的对勾，警告是个“!”，不合格是个红色的叉子

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