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特定值的 Pheatmap 颜色
我对 R 非常陌生 最近我一直在使用 pheatmap 库来生成热图 我的问题是我想以特定的方式为我的热图着色 我将在下面描述 值 精确等于 1 的值应为深灰色 值 gt 1 应该是色带 例如 深红色到浅红色 我玩过breaks参数和col
r
plot
Heatmap
colorpalette
pheatmap
具有自定义颜色比例条的热图,用于低于和高于阈值的值
我想在 R 中使用 pheatmap 制作一个热图 颜色为绿色 黑色和红色 并使用图例中的范围从 2 到 2 这是我使用的代码 library pheatmap my palette lt colorRampPalette c green
r
plot
Heatmap
colorbar
pheatmap
R 中的 pheatmap 格式:图例大小并创建方形图
Pheatmap 仅在 legend FALSE 时创建方形图 我尝试使用 par 来允许更多 oma 和 mar 空间 但运气不佳 图例也很大 我找不到任何有关减少此图例或更改其位置的文档 第一个图没有安装树状图 但这与尺寸问题无关 无论
r
formatting
Heatmap
pheatmap
更改 R 中 pheatmap 中树状图的线宽
我使用存储在单细胞实验测定中的单细胞 RNA seq 数据 使用 R 中的 pheatmap 对约 11 3000 个表达基因 不是聚类样本 进行分层聚类 以显示数据的异质性 我需要输出图像为 2 x 4 英寸 这使得树状图变得模糊 是否可
pheatmap
有没有办法在热图中保留聚类但减少观察数量?
我的数据集包含 20 列 90 个观察值 行 我生成了一个非常简洁的热图 它使用 pheatmap 包将我的数据分为两组 虽然它并不完全干净 但树状图的两个簇几乎根据我的条件将我的样本分为两个不同的组 现在我想将这组 90 个观察值减少到大
r
permutation
hclust
pheatmap
R pheatmap:执行聚类并显示每个注释类别的树状图
我知道如何使用 pheatmap 按注释类别对行 基因 进行分组 并且我知道如何对整组行 基因 执行 Person 的相关聚类 但我想要完成的是执行聚类 并显示独立的每个类别独立的树状图 这可能吗 或者我是否被迫为每个类别创建单独的热图以在
r
clusteranalysis
Heatmap
pheatmap
pheatmap 中缺少注释和颜色
使用 pheatmap R 包 我需要制作带有自定义颜色集注释的热图 我使用以下代码 Make a matrix mat lt replicate 23 rnorm 23 colnames mat lt c 1 2 3plus3reseq
r
pheatmap