有没有办法在提交作业之前直接将参数传递给 .pbs 脚本？我需要循环遍历由不同数字表示的文件列表，并应用脚本来分析每个文件。
我能想到的最好的办法如下：
#!/bin/sh
for ((i= 1; i<= 10; i++))
do
export FILENUM=$i
qsub pass_test.pbs
done
其中 pass_test.pbs 是以下脚本：
#!/bin/sh
#PBS -V
#PBS -S /bin/sh
#PBS -N pass_test
#PBS -l nodes=1:ppn=1,walltime=00:02:00
#PBS -M XX[email protected] /cdn-cgi/l/email-protection
cd /scratch/XXXXXX/pass_test
./run_test $FILENUM
但这感觉有点奇怪。特别是，我想避免创建环境变量来处理这个问题。
The qsub实用程序可以从标准输入读取脚本，因此通过使用此处文档，您可以动态创建脚本，动态地:
#!/bin/sh
for i in `seq 1 10`
do
cat <<EOS | qsub -
#!/bin/sh
#PBS -V
#PBS -S /bin/sh
#PBS -N pass_test
#PBS -l nodes=1:ppn=1,walltime=00:02:00
#PBS -M XXXXX[email protected] /cdn-cgi/l/email-protection
cd /scratch/XXXXXX/pass_test
./run_test $i
EOS
done
就我个人而言，我会使用更紧凑的版本：
#!/bin/sh
for i in `seq 1 10`
do
cat <<EOS | qsub -V -S /bin/sh -N pass_test -l nodes=1:ppn=1,walltime=00:02:00 -M XXXXX[email protected] /cdn-cgi/l/email-protection -
cd /scratch/XXXXXX/pass_test
./run_test $i
EOS
done
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