使用 Rgraphviz 中的 pos 参数来固定节点位置

基于这个问题当弧与另一弧重叠时自动弯曲 https://stackoverflow.com/questions/45721802/automatically-curving-an-arc-when-it-is-overlapping-with-another-one，我正在尝试设置pos中的属性RGraphviz plot.

有人可以展示如何正确使用pos归因或建议更可靠的解决方法。谢谢。

Example

为了与上面链接的问题保持一致，以下示例从bnlearn具有网格布局中的节点的图形。

library(bnlearn)
library(Rgraphviz)
library(igraph)

# Create graph
adj <- matrix(0L, ncol = 9, nrow = 9, dimnames = list(LETTERS[1:9], LETTERS[1:9]))
adj[upper.tri(adj)] <- 1
e <- empty.graph(LETTERS[1:9])
amat(e) <- adj
g <- as.graphNEL(e)

# layout in grid
ig <- igraph.from.graphNEL(g)
lay <- layout.grid(ig)
lay <- setNames(data.frame(norm_coords(lay, -100, 100, -100, 100)), c("x", "y"))

帮助页面?GraphvizAttributes表明pos应设置为

节点的位置（对于neato布局，这是节点的初始位置）。使用概念 val,val 指定，其中每个 val 都是双精度值。

再往下一点，对于neato仅属性

pin：如果为 TRUE 并且节点在输入上具有 pos 属性，neato 会阻止节点从输入位置移动。该属性的默认值为 FALSE。

我找不到应用这个论点的正确方法。

我尝试过各种事情但没有成功

# Passed named list with `x` and `y` positions
# To see the `pos` attribute has not been added you can use `AgNode(z)[[1]]`  
rownames(lay) <- nodes(e)
pos <- lapply(split(lay, rownames(lay)), unlist)
z <- agopen(g, "gg", nodeAttrs=list(pos=pos, 
                                    pin=setNames(rep(TRUE, length(nodes(e))), nodes(e))), 
                                    layoutType="neato")

# Passed as a named character string with coordinates pasted together
lay1 <- do.call(paste, c(lay, sep=","))
pos <- paste(lay1, '!') # also tried with `pos = paste(lay)`
names(pos) <- nodes(e)
z <- agopen(g, "gg", nodeAttrs=list(pos=pos, 
                                    pin=setNames(rep(TRUE, length(nodes(e))), nodes(e))), 
                                    layoutType="neato")

我可以通过此解决方法获得预期结果，但它不会很稳健。

# write out dot file
z <- agopen(g, "gg")
agwrite(z, "so.dot")

#positions
lay1 <- do.call(paste, c(lay, sep=","))
pos <- paste('pos = "', lay1, '!"')

#read in dot
rd <- readLines("so.dot")
id <- sapply(paste0("label=", nodes(e)) , grep, rd)

#add in positions
for(i in seq(id)) {  
  rd[id[i]] <- gsub(names(id)[i], paste(names(id)[i], pos[i], sep="\n"), rd[id[i]])
  }

# output and render
cat(rd, file="so1.dot", sep="\n")
system("neato so1.dot -n -Tpdf -o so.pdf")

给出预期的结果