如何按用户定义（例如非字母顺序）对数据框进行排序[重复]

给定一个数据框dna

> dna
chrom   start
chr2    39482
chr1    203918
chr1    198282
chrX    7839028
chr17   3874

以下代码重新排序dna by $chrom按字母升序排列$start按数字升序排列：

> dna <- dna[with(dna, order(chrom, start)), ]
> dna
chrom   start
chr1    198282
chr1    203918
chr17   3874
chr2    39482
chrX    7839028

但是，我希望能够拥有$chrom顺序如下（为了我的示例而简化）：

chrom_order <- c("chr1","chr2", "chr17", "chrX")

例如，我不允许重命名东西chr1 to chr01.

您需要指定levels in factor然后使用order带索引：

zz <- "chrom   start
chr2    39482
chr1    203918
chr1    198282
chrX    7839028
chr17   3874"
Data <- read.table(text=zz, header = TRUE)

library(Hmisc)
library(gdata)

Data$chrom  <- reorder.factor(Data$chrom , levels = c("chr1","chr2", "chr17", "chrX"))

Data[order(Data$chrom), ]
  chrom   start
2  chr1  203918
3  chr1  198282
1  chr2   39482
5 chr17    3874
4  chrX 7839028  

或者你可以使用这个：

> Data$chrom  <- factor(chrom , levels = c("chr1","chr2", "chr17", "chrX"))
> Data[order(Data$chrom), ]
  chrom   start
2  chr1  203918
3  chr1  198282
1  chr2   39482
5 chr17    3874
4  chrX 7839028

或使用这个：

> Data$chrom <- reorder(Data$chrom, new.order=c("chr1","chr2", "chr17", "chrX"))
> Data[order(Data$chrom), ]