避免“散点/点/蜂群”图中的数据点重叠

2024-05-14

使用绘制点图时matplotlib,我想偏移重叠的数据点以使它们全部可见。例如,如果我有:

CategoryA: 0,0,3,0,5  
CategoryB: 5,10,5,5,10  

我想要每一个CategoryA“0”数据点并排设置,而不是彼此重叠,同时仍然与CategoryB.

In R (ggplot2)有一个"jitter"执行此操作的选项。 matplotlib 中是否有类似的选项,或者是否有另一种方法可以产生类似的结果?

Edit:澄清,the "beeswarm"R 中的绘图 http://www.cbs.dtu.dk/%7Eeklund/beeswarm/本质上就是我的想法,并且pybeeswarm https://github.com/mgymrek/pybeeswarm是 matplotlib/Python 版本的早期但有用的开始。

Edit:添加 Seaborn 的群图 http://seaborn.pydata.org/generated/seaborn.swarmplot.html?highlight=swarmplot#seaborn.swarmplot0.7 版本中引入的,是我想要的一个很好的实现。


通过@user2467675扩展答案,我是这样做的:

def rand_jitter(arr):
    stdev = .01 * (max(arr) - min(arr))
    return arr + np.random.randn(len(arr)) * stdev

def jitter(x, y, s=20, c='b', marker='o', cmap=None, norm=None, vmin=None, vmax=None, alpha=None, linewidths=None, verts=None, hold=None, **kwargs):
    return scatter(rand_jitter(x), rand_jitter(y), s=s, c=c, marker=marker, cmap=cmap, norm=norm, vmin=vmin, vmax=vmax, alpha=alpha, linewidths=linewidths, **kwargs)

The stdev变量确保抖动足以在不同尺度上看到,但它假设轴的限制为零和最大值。

然后你可以打电话jitter代替scatter.

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