简洁版本
对于那些不想阅读我的“案例”的人来说，这就是本质：
- 最小化新包破坏现有代码（即编写您编写的代码）的机会的推荐方法是什么尽可能坚固?
-
充分利用该功能的推荐方法是什么？命名空间机制 when
a) just using贡献的软件包（比如在一些 R 分析项目中）？
b) 关于发展自己的包？
如何最好地避免冲突正式课程（大多参考类 http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/methods/html/refClass.html在我的例子中）因为甚至没有一个命名空间机制可以与::上课（AFAIU）？
R 宇宙的运作方式
这件事已经在我的脑海里萦绕了大约两年，但我觉得我似乎没有找到令人满意的解决方案。而且我感觉情况越来越糟了。
我们看到网上的包裹数量不断增加CRAN http://cran.at.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html, github https://github.com/, R-Forge http://r-forge.r-project.org/等等，这简直太棒了。
在这样一个去中心化的环境中，组成 R 的代码库（假设是base R and 贡献R为简单起见）将偏离鲁棒性方面的理想状态：人们遵循不同的约定，有 S3、S4、S4 参考类等。事物不可能像存在“对齐”那样“对齐”中央清算实例“这强制执行了约定。没关系。
问题
鉴于上述情况，使用 R 编写健壮的代码可能非常困难。并非您需要的所有内容都会在基础 R 中。对于某些项目，您最终将加载相当多的贡献包。
恕我直言，这方面最大的问题是命名空间概念在 R 中的使用方式：R 允许简单地编写某个函数/方法的名称，而无需明确要求其命名空间（即foo vs. namespace::foo).
因此，为了简单起见，这就是每个人都在做的事情。但这样一来，名称冲突、损坏的代码以及重写/重构代码的需要只是时间问题（或加载的不同包数量的问题）。
最好的情况下，你会know关于哪些现有函数被新添加的包屏蔽/重载。最坏的情况是，在代码损坏之前您将一无所知。
举几个例子：
- 尝试加载RMySQL http://cran.at.r-project.org/web/packages/RMySQL/index.html and RSQLite http://cran.at.r-project.org/web/packages/RSQLite/index.html与此同时，他们相处得不太好
- also RMongo http://cran.at.r-project.org/web/packages/RMongo/index.html将覆盖某些功能RMySQL http://cran.at.r-project.org/web/packages/RMySQL/index.html
-
forecast http://cran.at.r-project.org/web/packages/forecast/index.html掩盖了很多与 ARIMA 相关函数相关的内容
-
R.utils http://cran.at.r-project.org/web/packages/R.utils/index.html甚至掩盖
base::parse常规
（我不记得具体是哪些功能导致了问题，但如果有兴趣，我愿意再次查找）
令人惊讶的是，这似乎并没有困扰很多程序员。我曾多次尝试提高兴趣r-devel http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/e15/devel/11/08/0416.html，没有太大作用。
使用的缺点::操作员
- 使用
::在某些情况下，操作员可能会严重损害效率，如多米尼克·桑佩里 (Dominick Samperi)指出 http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/e15/devel/11/10/0716.html.
- When 发展你自己的包，你甚至不能使用
::运算符贯穿您自己的代码，因为您的代码还不是真正的包，因此还没有命名空间。所以我最初必须坚持foo方式，构建，测试，然后返回将所有内容更改为namespace::foo。并不真地。
避免这些问题的可能解决方案
-
Reassign每个包中的每个函数到一个遵循特定命名约定的变量，例如
namespace..foo为了避免与相关的低效率namespace::foo（我概述过一次here http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/e15/devel/11/08/0416.html）。优点：它有效。缺点：它很笨拙，而且使用的内存会增加一倍。
-
Simulate开发包时的命名空间。 AFAIU，这真的不可能，至少我是那时就这么说过 http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/e13/devel/11/01/0039.html.
- Make it 强制的 to use
namespace::foo。恕我直言，那将是最好的选择。当然，我们会失去一定程度的简单性，但话又说回来，R 宇宙不再简单了（至少不像 00 年代初那么简单）。
那么（正式）课程呢？
除了上述几个方面之外，::方式对于函数/方法来说效果很好。但是类定义又如何呢？
取包裹timeDate http://cran.at.r-project.org/web/packages/timeDate/index.html与它的班级timeDate。假设另一个包也有一个类timeDate。我不明白如何明确声明我想要一个新的类实例timeDate来自两个包中的任何一个。
像这样的事情是行不通的：
new(timeDate::timeDate)
new("timeDate::timeDate")
new("timeDate", ns="timeDate")
随着越来越多的人转向 OOP 风格的 R 包，这可能是一个大问题，导致大量的类定义。如果有is一种显式寻址类定义的名称空间的方法，我非常感谢指针！
结论
尽管这有点长，但我希望我能够指出核心问题，并且我可以在这里提高更多的认识。
I think devtools http://cran.at.r-project.org/web/packages/devtools/index.html and mvbutils http://cran.at.r-project.org/web/packages/mvbutils/index.html确实有一些可能值得传播的方法，但我确信还有更多要说的。
