编写代码以:启动 R 会话、运行 R 脚本、终止会话、重复

2024-05-05

我正在寻找一种简单的“设置后就忘记它”的方式,无论是作为终端中的单个参数字符串还是简单的 Java 程序,来自动执行以下操作:

1)启动R会话

2) 告诉 R 源 .R 文件包含冗长的并行模拟代码

3) 完成后终止R会话

4)开始一个新的R会话

5) 告诉 R 获取其他 .R 文件

6) 完成后终止R会话

7)起泡,冲洗,重复

我的 .R 脚本总共需要几天的时间才能运行,在此期间我将出城并且无法检查它们,如果我在同一个会话中运行它们,那么我就无法避免最大化我的可用内存。

Thanks!

编辑:我在 Ubuntu 12.04 LTS 上运行 R 2.15.3,具有 16GB RAM


启动和终止 R 会话的过程是通过使用来处理的Rscript。所以编写你的脚本,像这样调用它们:

Rscript script_1.R
Rscript script_2.R
...
Rscript script_Inf.R

剩下第 2 点和第 5 点...这是一个简单的问题:

source('/home/sc_evans/script_abc.R')

...在任何脚本的开头。

每个脚本都会有自己的 R 会话,该会话将在完成后终止。将这些命令放入批处理脚本中并运行它。


EDIT

如果我自己这样做,我会忘记使用单独的脚本。只要您正确管理内存,运行单个进程就应该可以正常工作。将您的流程划分为适当的功能:

massive_process_1 <- function() {
  x <- do_something()
  saveRDS(x, '/home/sc_evans/results/first_result.rds')      
}

massive_process_2 <- function() {
  x <- do_something()
  saveRDS(x, '/home/sc_evans/results/second_result.rds')      
}

massive_process_1()
massive_process_2()

等等。在第一个函数完成之前,下一个函数不会运行,并且您的对象应该在函数中消亡,因此您不应该耗尽内存。

本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

编写代码以:启动 R 会话、运行 R 脚本、终止会话、重复 的相关文章

随机推荐

  • 如何编辑多个 Pandas DataFrame 浮点列的字符串格式?

    我有一个pd DataFrame浮点数 import numpy as np import pandas as pd pd DataFrame np random rand 5 5 0 1 2 3 4 0 0 795329 0 125540
  • Chrome 扩展允许的键盘快捷键

    当您创建 Chrome 浏览器扩展程序时 您可以通过实现来建议键盘快捷键chrome 命令 https developer chrome com extensions commandsAPI 是否有允许的组合键的记录列表 Chrome 似乎
  • 遍历多行字符串

    我得到一些数据 def data some useless text n even more n finally interesting text 我怎样才能得到其中 有趣的部分 所以基本上所有行都不是以 开头的 Groovy 的一种选择是
  • 如何将sublime默认View设置为2行

    每次我打开 sublime 我都会执行以下操作 Layout then Rows 2 我可以更改设置 以便当我打开 sublime 时这是默认设置吗 我不知道有什么设置可以控制新创建的窗口的布局 它们始终创建为单个文件组 最好 最简单的事情
  • 是否可以从猫鼬文档中获取模型?

    var UserSchema new Schema Schema var User mongoose Model User UserSchema Model var user new User Document 仅给定文档 在本例中为用户
  • 如何使用实体框架更新特定记录的一个字段?

    我想要更新一个名叫 Pejman 的人的家庭情况 这是我的对象类 public class Person public int Id get set public string FirstName get set public string
  • 使用 CSS 更改文本选择颜色?

    我目前正在开发一个网站 我想更改文本选择颜色 我已经有点工作了 这是我的样式表中的代码 部分 selection background FF0099 color black text shadow none moz selection ba
  • 在 C、C++ 中实现腐蚀、膨胀

    我对二值图像的膨胀是如何完成的有理论上的了解 AFAIK 如果我的 SE 结构元素 是这样的 0 1 1 1 在哪里 代表中心 我的图像 二进制是这样的 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
  • 在 SDK 中找不到文件夹“tools”

    我在做安卓开发使用 Eclipse 我已经下载了所有必需的软件 但遇到了与中讨论的相同的问题 无法在 Eclipse 中设置 Android Target https stackoverflow com questions 6384328
  • UITableView更改标题标题颜色

    我正在设计 UITableView 的样式应用内设置工具包 http InAppSettingsKit并想要更改标题的颜色 标签Without title and Text Field应该是白色的 如何才能做到这一点 Thanks 这是一个
  • 我们可以使用 axios 的 onDownloadProgress 来加载 API 吗?

    我需要使用 axios 创建一个用于在 React 项目中加载 API 的进度条 我为此发现了 onDownloadProgress 函数 但我不知道我们是否可以使用它来获取诸如加载百分比之类的信息 或者它是否仅用于文件下载 所以我不确定我
  • 如何通过 SyliusResourceBundle 使用 Sylius 创建新模型

    我找到并成功使用了有关如何覆盖 Sylius 中现有模型的文档 但我无法利用 SyliusResourceBundle 创建一个全新的模型 我猜如果你已经了解 Symfony2 的话这很容易吗 我仍在学习 所以这就是我所拥有的 我缺少什么
  • 在 JDBC PL/SQL 块中多次使用命名参数时出错

    当使用命名参数调用 PL SQL 块时出现错误 当所有命名参数仅使用一次时 我的代码工作正常 但是当我复制标有 SQL 的 SQL 时 然后所有命名参数 以冒号开头 q 都使用了两次 现在我得到一个 SQL 异常 它说 参数名称的数量与注册
  • invoke_result获取模板成员函数的返回类型

    如何获取模板成员函数的结果类型 下面的最小示例说明了该问题 include
  • 使用 Angular JS 使图像出现在弹出窗口上

    这是我在 StackOverflow 上的第一篇文章 我正在自学 Angular 所以我是一个初学者 目前很困惑 我正在使用 Angular 创建一个网页 其中一个页面涉及一个按钮和一个弹出窗口 我想将图像放入弹出窗口中 但在实现此操作时遇
  • jQuery Deferred - 向 Deferred 合约添加回调

    我正在尝试在现有 Deferred 的状态设置为成功之前向其合约添加另一个异步调用 不要尝试用英语解释这一点 请参阅以下伪代码 when ajax url someUrl data data async true success funct
  • 用于电子邮件和文件日志记录的 Symfony2 Monolog 设置

    我想设置 Symfony2 向我发送电子邮件critical错误 但只需记录error级别错误 下面的设置可以做到这一点吗 monolog handlers main type fingers crossed action level er
  • 如何使用 swift flatMap 从数组中过滤掉选项

    我对 flatMap 有点困惑 添加到 Swift 1 2 假设我有一些可选类型的数组 例如 let possibles Int nil 1 2 3 nil nil 4 5 在 Swift 1 1 中 我会做一个过滤器 然后是一个像这样的地
  • 如何用 Scala 编写毕达哥拉斯定理?

    直角三角形斜边的平方等于另外两条边的平方和 这就是毕达哥拉斯定理 根据斜边长度 a 和 b 计算斜边的函数将返回 sqrt a a b b 问题是 您如何在 Scala 中定义这样一个函数 使其可以与实现适当方法的任何类型一起使用 对于上下
  • 编写代码以:启动 R 会话、运行 R 脚本、终止会话、重复

    我正在寻找一种简单的 设置后就忘记它 的方式 无论是作为终端中的单个参数字符串还是简单的 Java 程序 来自动执行以下操作 1 启动R会话 2 告诉 R 源 R 文件包含冗长的并行模拟代码 3 完成后终止R会话 4 开始一个新的R会话 5