过滤等于或大于某个值的数据的函数

2024-04-28

我有一个包含数千行和列的数据框。行包含基因名称,列包含样本名称。

我只想保留 3 个以上样本中包含等于或大于 5 的值的行。

到目前为止我已经尝试过,但我不知道如何设置多个条件:

data.frame1 %>% filter_all(all_vars(.>= 5))

我希望我正确地陈述了这个问题。


我在基因表达过滤预差异基因表达管道中的做法如下:

data.frame1[rowSums(data.frame1 >= 5) > 3, ] -> filtered.counts

如果您的第一列是基因标识符,所有其他列都是数字,则可以让评估跳过第一列,如下所示:

data.frame1[rowSums(data.frame1[-1] >= 5) > 3, ] -> filtered.counts
本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

过滤等于或大于某个值的数据的函数 的相关文章

  • R 中带有文件名的 For 循环

    我有一个文件列表 例如 nE pT sbj01 e2 2 csv nE pT sbj02 e2 2 csv nE pT sbj04 e2 2 csv nE pT sbj05 e2 2 csv nE pT sbj09 e2 2 csv nE
  • LaTex 中与 knit 和 xtable 交叉引用的问题

    我目前正在与 R Studio 合作 使用 LaTex 中的 R knitr 生成 PDF 文档 在这些文档中 我想在文本中引用的表格中展示我的部分结果 我使用 R 中的 xtable 包生成这些表 它运行良好并为我提供了正确的表 到目前为
  • 替换列表列表中的元素

    The applyR 中的函数是简化 for 循环以获得输出的好方法 是否有一个等效的函数可以帮助人们在替换向量的值时避免 for 循环 通过示例可以更好地理解这一点 Take this list for example x list li
  • 将命名参数列表传递给函数?

    我想编写一个小函数来从适当的分布生成样本 例如 makeSample lt function n dist params values lt makeSample 100 unif list min 0 max 10 values lt m
  • R::bigmemory - 如何创建角色big.matrix?

    我尝试使用bigmemory封装在R我一开始就陷入困境 我愿意 temp lt matrix paste a 1 10 5 2 并得到一个字符矩阵 没关系 但后来我尝试 x lt as big matrix temp type char 我
  • 返回数据帧 R 中的下一行

    我有一个看起来像这样的数据框 kind datetime book 2016 04 23 04 23 00 pen 2016 04 23 04 30 00 toy 2016 04 23 06 45 00 我想为数据集中的每一行返回下一行的日
  • 将 Instagram/youtube 嵌入 Shiny R 应用程序

    我想通过点击图表来播放 Instagram 或 Youtube 视频 例如显示异常值等 到目前为止 明确告诉 Shiny 视频内容是有效的 require shiny require ggplot2 data df lt data fram
  • 如何在R中删除重复项

    我有一个非常大的数据集 如下所示 df lt data frame school c a a a b b c c c year c 3 3 1 4 2 4 3 1 GPA c 4 4 4 3 3 3 2 2 school year GPA
  • LDA with topicmodels,如何查看不同文档属于哪些主题?

    我正在使用 topicmodels 包中的 LDA 我已经在大约 30 000 个文档上运行它 获取了 30 个主题 并获得了主题的前 10 个单词 它们看起来非常好 但我想看看哪些文档属于哪个主题的概率最高 我该怎么做 myCorpus
  • 计算每个唯一值出现的次数

    假设我有 v rep c 1 2 2 2 25 现在 我想计算每个唯一值出现的次数 unique v 返回唯一值是什么 但不返回它们的数量 gt unique v 1 1 2 我想要一些能给我的东西 length v v 1 1 25 le
  • 正则表达式字符串中第一个和最后一个非点的位置

    我希望找到字符串的第一个和最后一个非点元素的位置 理想情况下我想这样做regex在基地R 我已经写过R解决问题的代码 不过 我对一个感兴趣regex解决方案 感谢您的任何建议 这是一个示例数据集和R代码以获得所需的结果 此代码拆分字符串并使
  • kernlab 中 SVM 训练之外的核矩阵计算

    我正在开发一种新算法 该算法可以生成修改后的核矩阵以用于 SVM 训练 但遇到了一个奇怪的问题 出于测试目的 我比较了使用 kernelMatrix 接口和普通内核接口学习的 SVM 模型 例如 Model with kernelMatri
  • R 中的快速 QR 分解

    我有大量矩阵 需要对其执行 QR 分解并存储生成的 Q 矩阵 进行归一化 以便 R 矩阵在其对角线上具有正数 除了使用之外还有其他方法吗qr 功能 这是工作示例 system time Parameters for the matrix t
  • 尝试读取 CSV 文件时出现“无法识别的字符串转义”

    我正在尝试导入一个 csv文件 以便我可以观看此视频 R ggplot2 图形直方图 http www youtube com watch v 47kWynt3b6M 我安装了所有正确的软件包 包括ggplot以及相关的包 视频中的第一个说
  • pyomo + 网状错误 6 句柄无效

    我正在尝试运行pyomo优化 我收到错误消息 Error 6 The handle is invalid 不知道如何解释它 环顾四周似乎与特权有关 但我不太明白 在下面找到完整的错误跟踪以及重现它的玩具示例 完整的错误跟踪 py run f
  • 从命令行运行 R 代码 (Windows)

    我在名为 analysis r 的文件中有一些 R 代码 我希望能够从命令行 CMD 运行该文件中的代码 而无需通过 R 终端 并且我还希望能够传递参数并在我的代码中使用这些参数 例如就像下面的伪代码 C gt execute r scri
  • R独特的列或行与NA无可比拟

    有谁知道如果incomparables的论证unique or duplicated 曾经被实施过incomparables FALSE 也许我不明白它应该如何工作 无论如何 我正在寻找一个巧妙的解决方案 以仅保留与另一列相同的唯一列 或行
  • 使用 R 选择第一个非 NA 值

    df lt data frame ID c 1 1 1 2 3 3 3 test c NA 5 5 6 4 NA 7 3 NA 10 9 我想创建一个名为 value 的变量 它是每个单独 ID 测试的第一个非 NA 值 对于只有NA的个体
  • 只读取选定的列

    谁能告诉我如何仅读取下面每年数据的前 6 个月 7 列 例如使用read table Year Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec 2009 41 27 25 31 31 39 2
  • 基于时间窗口的不规则时间序列的优化滚动函数

    有没有办法使用 rollapply 来自zoo包或类似的东西 优化功能 rollmean rollmedian等 使用基于时间的窗口计算滚动函数 而不是基于大量观察的函数 我想要的很简单 对于不规则时间序列中的每个元素 我想计算一个具有 N

随机推荐

  • JTable 如何在行之间添加行

    我之前一直在寻找这个问题很长一段时间 但我找不到任何关于这个问题或主题的问题 我假设这可能是不可能做到的 尽管这看起来很奇怪 因为该功能很有用 我希望在有 3 行的情况下 不是在末尾添加另一行 而是在第 1 行之后添加 这有可能吗 请不要提
  • BigQuery 中的 EXP() 返回浮点错误

    我有以下查询 SELECT EXP col FROM project dataset tablename Where col is FLOAT 但是 我收到此错误 Error Floating point error in function
  • sizeof() 函数如何用于 C 中的结构?

    结构体定义如下 typedef struct Sample int test char strtest Sample 在Main Function中 我将结构体称为Sizeof sizeof struct Sample 我听说结构体上 si
  • 如何制作包含DLL文件的JAR文件?

    我购买了一个第三方Java库 其中包括一个JAR文件和两个DLL文件 我编写了自己的 Java 程序来调用第三方 JAR 文件 现在我的问题是如何将我的所有代码打包到一个 JAR 文件中 其中包含我的所有代码以及第三方 JAR 和 DLL
  • 使用 AffineTransform 将形状缩放/转换为给定矩形

    我正在尝试缩放 翻译 java awt Shape with 仿射变换为了将其绘制在定义的边界矩形中 此外 我想在具有 的绘图区域中绘制它zoom 范围 我尝试了 AffineTransform 的各种串联 但找不到正确的序列 例如 以下解
  • 在没有 Webpack 的情况下使用模块“child_process”

    我正在使用 Webpack 来捆绑依赖项 其中之一是电子邮件服务postmark 该服务依赖于称为child process显然是随节点一起提供的 问题是 当我尝试运行 webpack 来捆绑我的应用程序时 它会抱怨 找不到模块 错误 无法
  • 为什么使用 System.Threading.Interlocked.Decrement 而不是减号?

    我将一些 C 代码转换为 vb net converter telerik com 将其转换为 i 进入这个 System Math Max System Threading Interlocked Decrement i i 1 所有的花
  • 我可以在 React Native 中需要一个专门用于 iOS 的模块吗?

    我目前正在使用react native safari view https github com naoufal react native safari view我的 React Native 项目中用于在 iOS 中显示 Web 视图的模
  • 如何让一个不可见的透明按钮起作用?

    查看 Unity 论坛和问答网站中的一些答案 如何制作隐形按钮的答案不起作用 因为删除与按钮关联的图像会使其不起作用 如何解决这个问题并保持不可见属性 同时允许按钮实际工作 这是 Unity 的怪异之处之一 100 的现实世界项目都需要这个
  • 如何转换 R 中列匹配模式中的值

    我有这个数据框mydf 专栏nucleotide可以有A T G C字母 我想更改字母A to T C to G G to C and T to A 如果strand列是 我该怎么做 mydf lt structure list seqna
  • 使用详细信息和摘要标签作为可折叠内联元素

    我正在努力研究这个问题的解决方案 找到一种方法来实现可折叠按钮 或其他类似对象 这样 它们可以在同一行中使用 单击时 其内容显示在按钮所在行和下一行之间 他们反应敏捷 内容的样式独立于标题 我制作这个 gif 是为了更好地了解我想要获得什么
  • 使用 CSS 检查滚动

    我正在尝试创建一个纯 100 CSS 无 jQuery 返回顶部 按钮 但我希 望该按钮仅在访问者向下滚动页面时显示 是否可以用 CSS 来检查这一点 因此 如果访问者向下滚动一点 则会显示 返回顶部 按钮 Thanks 根据光标位置确定
  • Entity Framework 4.1+ 多对多关系更改跟踪

    如何检测 ICollection 属性的更改 多对多关系 public class Company public virtual ICollection
  • 如何在 Excel VBA 中将 UTF-8 转换为 UTF-16?

    据我所知 Excel使用UTF 16来表示字符串文字 我从控制台 Mac 文件 Windows 读取数据 在这两种情况下 字符编码都是混乱的 我必须找到一个适用于两个平台的解决方案 因此 ADO 流不是一个选项 我进行了一些调试 发现实际字
  • 如何在 python 中 unpickle 托管在 Web URL 中的文件

    pickle 和 unpickle 对象的正常方法如下 腌制一个对象 import cloudpickle as cp cp dump objects open picklefile pkl wb UnPickle 一个对象 加载腌制文件
  • 如何检查 JQuery select 中是否已存在选项

    如何检查 JQuery 的 select 中是否已存在选项 我想动态地将选项添加到 select 中 因此我需要检查该选项是否已经存在以防止重复 如果它已经存在 则评估结果为 true yourSelect option value you
  • 如何自定义锁定屏幕?就像 Android 中的 WaveSecure

    我想做一个像 WaveSecure 一样的演示 它以第三名的成绩赢得了 Android Develop Challenge 2 现在我在自定义锁定屏幕时遇到了问题 所以我想知道WaveSecure是如何实现其锁定功能的 如下图所示 当手机锁
  • 如何在 NSData 中打包结构体? [复制]

    这个问题在这里已经有答案了 可能的重复 通过 GameKit 发送和接收 NSData https stackoverflow com questions 4837102 send and receive nsdata via gameki
  • 我可以简化同一专用网络上计算机的 WebRTC 信号传输吗?

    WebRTC 信号让我发疯 我的用例非常简单 信息亭和控制室网络应用程序之间的双向音频对讲 两台计算机都在同一网络上 两者都无法访问互联网 所有机器都有已知的静态 IP 我读到的所有内容都希望我使用 STUN TURN ICE 服务器 这个
  • 过滤等于或大于某个值的数据的函数

    我有一个包含数千行和列的数据框 行包含基因名称 列包含样本名称 我只想保留 3 个以上样本中包含等于或大于 5 的值的行 到目前为止我已经尝试过 但我不知道如何设置多个条件 data frame1 gt filter all all var