Snakemake 声明规则以非零退出代码退出，即使使用“|| true”？

我的 Snakemake 管道断言，每当我运行任何规则时，我的代码都会引发非零退出代码，即使我的代码在我手动运行相同的代码时返回错误代码 0，并且在 Snakemake 中运行时它可以正常工作。

根据建议这个问题 https://stackoverflow.com/questions/45613881/what-would-be-an-elegant-way-of-preventing-snakemake-from-failing-upon-shell-r-e，我尝试附加|| true到snakemake规则中的shell命令，将我的规则从看起来像这样

rule rulename:
    input:
        "input/file"
    output:
        "output/file"
    shell:
        "python3.7 scripts/script.py {input} {output}"

to

rule rulename:
    input:
        "input/file"
    output:
        "output/file"
    shell:
        "python3.7 scripts/script.py {input} {output} || true"

然而，当我重新运行管道时，snakemake 仍然出错并说：(exited with non-zero exit code)，尽管|| true最后将确保此命令始终返回退出代码 0。

Snakemake 做了什么导致这种情况？作为参考，我使用 Snakemake 5.5.0 和 python 3.7.0，并且我使用的服务器有 Ubuntu 16.04.5（如果相关的话）。

我在 Snakemake 中运行 docker 时遇到了这个问题，而没有将我的用户 ID 传播到容器。该脚本可以运行，但如果 Snakemake 无法以您的用户身份触摸输出，它将返回此神秘错误。

rule helloworld:
    output: "output_10/test"
    shell:
        """
        docker  run -v $PWD:/work -w /work someimage somecommand > output_10/test'
        """

(exited with non-zero exit code)

rule helloworld:
    output: "output_10/test"
    shell:
        """
        docker  run --user $(id -u):$(id -g) -v $PWD:/work -w /work someimage somecommand > output_10/test'
        """

works