如何使 bash 脚本与一个又一个命令一起工作？

我有一个如下所示的 bash 脚本。首先，它将sorted.bam 文件作为输入，并使用“stringtie”工具将每个样本gtf 作为输出。然后每个样本 gtf 的路径将被赋予到 mergelist.txt 中。然后对它们使用“stringtie merge”以获得“stringtie_merged.gtf”。

我总共有 40 个排序的.bam 文件。

for sample in /path/*.sorted.bam
do
dir="/pathto/hisat2_output"
dir2="/pathto/folder"
base=`basename $sample '.sorted.bam'`
"stringtie -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base}_GRCh38.gtf -l ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base} ${dir}/${base}.sorted.bam; ls ${dir2}/stringtie_output/*/*_GRCh38.gtf > mergelist.txt; stringtie --merge -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/stringtie_merged.gtf mergelist.txt"
done

我用分隔命令;在所有排序的.bam 文件上运行脚本并完成作业后，我发现 mergelist.txt 仅具有 33 个示例 gtf 的路径。这意味着 merge list.txt 中缺少其他 7 个示例 gtfs 的路径。

将命令与分隔开;正确的一种还是有其他方法？

该脚本应首先使用一个命令，并在文本文件中给出输出路径，然后使用另一个命令。

您没有用分号分隔命令；您调用了一个嵌入了分号的命令。考虑简单的脚本：

"ls; pwd"

这个脚本的作用是not call ls其次是pwd。相反，shell 将搜索 PATH 来查找名为的文件ls; pwd（即名称中带有分号和空格的文件），可能找不到该文件并以错误消息响应。您需要删除双引号。