首先让我解释一下“对齐”的含义。
假设我们必须字符串：例如AGBCDEFABCDIEFK
他们的“结盟”是：
A - G - B - C - D - - E - F -
A - - B - C - D - I - E - F - K
-----------------------------------
A - ? - B - C - D - ? - E - F - ?
另一个（相当简单的）例子（因为我相信我的问题可能与 NLP 有关）：
I give Mary a kiss
I give Ann a book
----------------------
I give X a Y
你会怎么做呢？关于算法有什么想法（甚至参考）吗？
我可能会用 Objective-C（或 PHP）来编写这个，但任何代码都会受到欢迎。
我认为您正在寻找的是自然语言处理的最小编辑距离之类的东西。查看 Levenshtein 距离算法的演示here http://www.let.rug.nl/kleiweg/lev/
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