perl 从文件中删除行

我的文件看起来像：

ATOM 2517 O   VAL 160 8.337  12.679  -2.487
ATOM 2518 OXT VAL 160 7.646  12.461  -0.386
TER 
ATOM 2519 N   VAL 161 -14.431  5.789 -25.371
ATOM 2520 H1  VAL 161 -15.336  5.698 -25.811
ATOM 2521 H2  VAL 161 -13.416 10.529  17.708
ATOM 2522 H3  VAL 161 -14.363  9.436  18.498
ATOM 2523 CA  VAL 161   4.400  9.233  16.454
ATOM 2524 HA  VAL 161   3.390  9.170  16.047

我必须删除“TER”、“TER”之前的行以及 TER 之后的行之后的 3 行，并使文件连续，如下所示：

ATOM 2517 O   VAL 160   8.337 12.679  -2.487
ATOM 2519 N   VAL 161 -14.431  5.789 -25.371
ATOM 2523 CA  VAL 161   4.400  9.233  16.454
ATOM 2524 HA  VAL 161   3.390  9.170  16.047

一个简单的逐行脚本。

Usage: perl script.pl -i.bak fileglob

E.g. perl script.pl -i.bak File*MINvac.pdb

这将更改原始文件，并以扩展名保存每个文件的备份.bak。请注意，如果TER行出现得太靠近文件末尾，会导致警告。另一方面，提出的其他解决方案也是如此。

如果您不想保存备份（请小心，因为更改是不可逆的！），请使用-i反而。

Code:

#!/usr/bin/perl
use v5.10;
use strict;
use warnings;

my $prev;
while (<>) {
    if (/^TER/) {
        print scalar <>;  # print next line
        <> for 1 .. 3;    # skip 3 lines
        $prev = undef;    # remove previous line
    } else {
        print $prev if defined $prev;
        $prev = $_;
    }
    if (eof) {  # New file next iteration?
        print $prev;
        $prev = undef;
    }
}