自动安装自制包的依赖库

2024-03-14

我有一个关于如何在从源安装自制包时自动安装依赖库的问题。

基本上,DESCRIPTION文件看起来像:

Package: mypackage
Type: Package
Title: mypackage_title
Version: 0.1.0
Author: test 
Maintainer: test <test @example.com>
Description: More about what it does (maybe more than one line)
Depends:
    dplyr, 
    stringr
License: MIT
LazyData: TRUE
RoxygenNote: 5.0.1

我跟着guide https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-exts.html#Package-Dependencies并创建了一个.tar.gz文件。当我分发此软件包时,用户将从源安装。另外,我期望的是,从这个源码安装中,依赖库如dplyr and stringr如果这两个不可用,将自动安装。

我在虚拟机中进行了测试,但遇到了以下错误。那么对于这个问题有什么建议吗?提前致谢!

install.packages("path_to_my_tar.gz", repos=NULL, type="source")
Error: dependencies 'dplyr', 'stringr' are not available for package

更新:我尝试了其他几种方法但仍然失败......

方法一

install.packages("path/to/my/package", repos = NULL, type = "source")
ERROR: dependencies 'dplyr', 'stringr' are not available for package 

方法二:放my package, dplyr, and stringr into path/to/my/package/folder

install.packages("path/to/my/package", repos =  "path/to/my/package/folder/", type = "source")
Warning in install.packages :
  unable to access index for repository path/to/my/package/folder/src/contrib:
  scheme not supported in URL 'path/to/my/package/folder/src/contrib/PACKAGES'
Warning in install.packages :
  my packageis not available (for R version 3.3.1)

方法三:放my package, dplyr, and stringr into path/to/my/package/folder using contriburl

install.packages("path/to/my/package", contriburl = "path/to/my/package/folder/", type = "source")
Installing package into my package (as lib?is unspecified)
Warning in install.packages :
  unable to access index for repository path/to/my/package/folder/:
  scheme not supported in URL 'path/to/my/package/folder/PACKAGES'
Warning in install.packages :
  my package is not available (for R version 3.3.1)

方法四:

install.packages("ProdComp08032016_0.1.2.tar.gz", repos = c("file://C:/Users/TH2/Downloads/", "http://cran.us.r-project.org http://cran.us.r-project.org”),类型=“来源”) 将软件包安装到 :/Users/TH2/Documents/R/win-library/3.3?(因为 ib? 未指定) install.packages 中的警告: 无法打开压缩文件“//C:/Users/TH2/Downloads/src/contrib/PACKAGES”,可能的原因“没有这样的文件或目录” install.packages 中出错:无法打开连接

方法5:

install.packages("ProdComp08032016_0.1.2.tar.gz", repos = c("C:/Users/TH2/Downloads/", "http://cran.us.r-project.org http://cran.us.r-project.org”),类型=“来源”) 将软件包安装到 :/Users/TH2/Documents/R/win-library/3.3?(因为 ib? 未指定) install.packages 中的警告: 无法访问存储库 C:/Users/TH2/Downloads/src/contrib 的索引: URL“C:/Users/TH2/Downloads/src/contrib/PACKAGES”不支持方案 install.packages 中的警告: 包rodComp08032016_0.1.2.tar.gz?不可用(适用于R版本3.3.1)


EDIT

根据这个重复的问题,在 R 中从源安装时的包依赖项 https://stackoverflow.com/questions/5805049/package-dependencies-when-installing-from-source-in-r, 命令

install.packages(pkgs = my.package.name, repos = c("file://path/to/my/custom/repo", "http://cran.somepage.org"))

可以工作,如果你创建本地 R 存储库 https://stackoverflow.com/questions/2905650/creating-a-local-r-package-repository.

另一种选择是将包制作为 GIT 项目并使用

devtools::install_local("path/to/package.tar.gz")

我没有准备好测试包,但我的猜测是repos = NULL screws install.packages寻找你的包的依赖项。

看着?install.packages看起来你运气不好,没有将依赖项也放入本地存储库:

论点

pkgs当前版本的包名称的字符向量 应该从存​​储库下载。如果 repos = NULL,则 包含二进制文件的“.zip”文件路径的字符向量 构建包。 (http:// 和 file:// URL 也被接受并且 文件将从本地副本下载并安装。)来源 档案的目录或文件路径或 URL 可以指定为 type = "source",但有些软件包需要安装合适的工具(请参阅 “详细信息”部分)。如果缺少该字符或零长度字符 矢量,在可能的情况下显示可用包的列表框 交互式 R 会话。
lib给库的字符向量 安装软件包的目录。根据需要回收。如果 缺失,默认为 .libPaths() 的第一个元素。
repos字符向量,要使用的存储库的基本 URL,例如, CRAN 镜像的 URL,例如“http://cran.us.r-project.org http://cran.us.r-project.org“。 为了 有关支持的 URL 方案的更多详细信息,请参阅 url。可以为NULL来安装 从本地文件、目录或 URL:这将通过以下方式推断 如果长度为 1,则来自 pkg 的扩展。

这是我的两个猜测:

install.packages(pkgs = "package", ..., repos = c("file://path.to.tar.gz", "http://path.to.cran.mirror")) # Try to specify the path to your package as another repo
install.packages(pkgs = "file://path.to.tar.gz.file") # Leave repos alone and hope the file:// suffices

请让我知道它们是否有效:)

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