如何将 Conda 环境与 RStudio Server 结合使用?

2024-03-10

对于我的数据科学项目,我使用conda跟踪所有已安装的软件包。

> conda create -n my_project R=3.4.1 r-tidyverse
> conda activate my_project
> which R 
/storage/apps/anaconda3/envs/my_project/bin/R
> R --version
R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"

我如何在Conda环境中使用Rrstudio-server? 我知道rsession-which-r https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200552316-Configuring-the-Server配置选项,但这样我就无法轻松地在环境之间切换。


我创建了一个 GitHub 存储库,其中包含两个脚本,允许您从 Conda 环境中以非守护模式启动 Rstudio 服务器:rstudio-服务器-conda https://github.com/grst/rstudio-server-conda.

怎么运行的:

您可以以非守护模式启动 rstudio-server(类似于jupyter notebook)从一个 康达环境。

> conda activate my_project
> /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver \
   --server-daemonize=0 \
   --www-port 8787 \
   --rsession-which-r=$(which R) \
   --rsession-ld-library-path=$CONDA_PREFIX/lib

为了避免库路径出现其他问题,还rsession需要在Conda环境中运行。这是通过将 rsession 包装到 rsession.sh 脚本中来实现的。包装的 rsession 可执行文件的路径可以作为命令行参数传递给 rserver。

rserver # ...
    --rsession-path=rsession.sh

最后,当使用多个用户时,一个唯一的secret-cookie-key必须为每个用户生成。秘密 cookie 密钥的路径可以作为命令行参数传递给 rserver。

uuid > /tmp/rstudio-server/${USER}_secure-cookie-key
rserver # ...
   --secure-cookie-key-file /tmp/rstudio-server/${USER}_secure-cookie-key
本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

如何将 Conda 环境与 RStudio Server 结合使用? 的相关文章

  • 如何让 print() 将参数传递给 R 中用户定义的打印方法?

    我在 R 中定义了一个 S3 类 它需要自己的打印方法 当我创建这些对象的列表并打印它时 R 按其应有的方式对列表中的每个元素使用我的打印方法 我想对打印方法实际显示的数量进行一些控制 因此 我的类的 print 方法需要一些额外的参数 但
  • LaTex 中与 knit 和 xtable 交叉引用的问题

    我目前正在与 R Studio 合作 使用 LaTex 中的 R knitr 生成 PDF 文档 在这些文档中 我想在文本中引用的表格中展示我的部分结果 我使用 R 中的 xtable 包生成这些表 它运行良好并为我提供了正确的表 到目前为
  • 将循环转换为并行计算的函数

    我正在使用 R 编程语言 我遇到这个问题 我试图找出两个 shapefile 之间的成对交集 即第一个 shapefile 中的每个多边形与第二个 shapefile 中的所有多边形相交的百分比 我想我找到了解决这个问题的基本方法 Load
  • decompose() 的周期太少[关闭]

    很难说出这里问的是什么 这个问题是含糊的 模糊的 不完整的 过于宽泛的或修辞性的 无法以目前的形式得到合理的回答 如需帮助澄清此问题以便重新打开 访问帮助中心 help reopen questions 错误看起来像这样 decompose
  • ggplot2可以在一个图例中分别控制点大小和线大小(线宽)吗?

    一个使用的例子ggplot2绘制数据点组和连接每组均值的线 并使用相同的映射aes for shape并为linetype p lt ggplot mtcars aes gear mpg shape factor cyl linetype
  • 将 Instagram/youtube 嵌入 Shiny R 应用程序

    我想通过点击图表来播放 Instagram 或 Youtube 视频 例如显示异常值等 到目前为止 明确告诉 Shiny 视频内容是有效的 require shiny require ggplot2 data df lt data fram
  • 如何对同一列上的数据帧列表中的所有数据帧进行排序?

    我有一个数据框列表dataframes list 举个例子 我把dput dataframes list 在底部 我想对列列表中的所有数据框进行排序enrichment 我可以对一个数据框进行排序 first dataframe lt da
  • 将年月格式转换为 POSIXct [重复]

    这个问题在这里已经有答案了 我有一些年月形式的数据 我想将其格式化以用于绘图ggplot date lt c 2016 03 2016 04 2016 05 2016 06 2016 07 2016 08 2016 09 2016 10 2
  • numpy.histogram 的 hist 维度,密度 = True

    假设我有这个数组 A array 0 0019879 0 00172861 0 00527226 0 00639585 0 00242005 0 00717373 0 00371651 0 00164218 0 00034572 0 008
  • R - Plm 和 lm - 固定效应

    我有一个平衡面板数据集 df 本质上由三个变量组成 A B and Y 对于一堆独特识别的区域来说 它会随着时间的推移而变化 我想运行一个回归 其中包括区域 下面等式中的区域 和时间 年份 固定效应 如果我没记错的话 我可以通过不同的方式来
  • 纵向序列数据的三次样条方法?

    我有一个串行数据 格式如下 time milk Animal ID 30 25 6 1 31 27 2 1 32 24 4 1 33 17 4 1 34 33 6 1 35 25 4 1 33 29 4 2 34 25 4 2 35 24
  • pyomo + 网状错误 6 句柄无效

    我正在尝试运行pyomo优化 我收到错误消息 Error 6 The handle is invalid 不知道如何解释它 环顾四周似乎与特权有关 但我不太明白 在下面找到完整的错误跟踪以及重现它的玩具示例 完整的错误跟踪 py run f
  • twitterR 和 ROAuth R 软件包安装

    我在安装 CRAN 上的 twitteR 和 RAOuth 软件包时遇到一些问题 我尝试了几种不同的方法 在 Windows 下使用源代码 在 Ubuntu 下使用 RStudio 我尝试了以下命令 sudo apt get install
  • API 请求和curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) 中的错误:SSL 证书问题:证书已过期

    几天前 我运行了代码几个月 没有任何问题 GET url myurl query 今天我遇到一个错误 Error in curl curl fetch memory url handle handle SSL certificate pro
  • Purrr::map_df() 删除 NULL 行

    使用时purrr map df 我偶尔会传递一个数据框列表 其中一些项目是NULL 当我做 map df 返回行数少于原始列表的数据框 我想发生的事情是这样的map df calls dplyr bind rows 它忽略了NULL价值观
  • 将每列的值乘以 R 中另一个 data.frame 中的权重

    我有两个data frames df and weights 代码如下 df看起来像这样 id a b d EE f 1 this 0 23421153 0 02324956 0 5457353 0 73068586 0 5642554 2
  • 在 R 中使用 lapply 绘制多个数据帧

    我正在尝试使用 lapply 函数绘制多个数据帧 每个数据帧一个图 但是尽管有关此主题的所有帖子我都找不到答案 因为我不断收到错误 图的输出列表为空 我的数据结构如下 df1 lt mtcars gt group by cyl gt tal
  • 将数据框中重叠的范围合并到唯一的组中

    我有一个 n 行 3 的数据框 df lt data frame start c 178 400 983 1932 33653 end c 5025 5025 5535 6918 38197 group c 1 1 2 2 3 df sta
  • 更改闪亮 R 中的默认浏览器

    我在 RStudio 中使用 01 hello 虽然在 IE 中默认打开程序时它不会显示直方图 但即使在 Chrome 中 滑块也不起作用 我无法滑动条形图并看到直方图中的变化 如何更改 R 中的默认浏览器 以便闪亮启动 Chrome 而不
  • 在 r 中的 group_by 之后建模后取消列表列的嵌套

    我想对所有组进行线性回归group by 将模型系数保存在列表列中 然后使用 unnest 扩展列表列 这里我用的是mtcars以数据集为例 注 我想用do here becausebroom tidy 不适用于所有型号 mtcars gt

随机推荐