将命名元组的值从字符串转换为整数

我正在创建一个脚本来将 csv 文件从其列标题读取到一组命名元组中。然后，我将使用这些命名元组来提取满足特定条件的数据行。

我已经计算出输入（如下所示），但在将数据输出到另一个文件之前过滤数据时遇到问题。

import csv
from collections import namedtuple

with open('test_data.csv') as f:
    f_csv = csv.reader(f) #read using csv.reader()
    Base = namedtuple('Base', next(f_csv)) #create namedtuple keys from header row
    for r in f_csv: #for each row in the file
        row = Base(*r) 
        # Process row
        print(row) #print data

我的输入文件的内容如下：

Locus           Total_Depth     Average_Depth_sample    Depth_for_17
chr1:6484996    1030            1030                    1030
chr1:6484997    14              14                      14
chr1:6484998    0               0                       0

它们是从我的代码中打印出来的，如下所示：

基数（轨迹='chr1：6484996'，Total_Depth='1030'， Average_Depth_sample='1030'，Depth_for_17='1030') 基数（轨迹='chr1：6484997'，Total_Depth='14'， Average_Depth_sample='14'，Depth_for_17='14') 基础（轨迹='chr1：6484998'，Total_Depth='0'，Average_Depth_sample='0'， Depth_for_17='0')

我希望能够仅提取 Total_Depth 大于 15 的记录。

直觉上我尝试了以下功能：

if Base.Total_Depth >= 15 :
    print row

然而，这仅打印最后一行数据（来自上面的输出表）。我认为问题是双重的。据我所知，我不会将命名元组存储在任何地方以供以后引用。其次，数字是以字符串格式而不是整数读取的。

首先，如果我需要将命名元组存储在某个地方，有人可以纠正我吗？

其次，如何将字符串值转换为整数？或者这是不可能的，因为命名元组是不可变的。

Thanks!

I 以前问过类似的问题 https://stackoverflow.com/questions/17238567/returning-a-row-from-a-csv-if-specified-value-within-the-row-matches-condition关于字典，但现在想使用命名元组代替。 :)

将您的价值观映射到int创建命名元组实例时：

row = Base(r[0], *map(int, r[1:])) 

这保持了r[0]value 作为字符串，并将其余值映射到int().

This does需要了解 CSV 列，因为此处硬编码了哪些列可以转换为整数。

Demo:

>>> from collections import namedtuple
>>> Base = namedtuple('Base', ['Locus', 'Total_Depth', 'Average_Depth_sample', 'Depth_for_17'])
>>> r = ['chr1:6484996', '1030', '1030', '1030']
>>> Base(r[0], *map(int, r[1:]))
Base(Locus='chr1:6484996', Total_Depth=1030, Average_Depth_sample=1030, Depth_for_17=1030)

请注意，您应该针对行进行测试，而不是针对Base class:

if row.Total_Depth >= 15:

在循环内，或在收集行的新循环中。