控制 genoPlotRplot_gene_map 中的边距

我正在制作一个plot_gene_map数字由genoPlotR R包，它给出了一个水平系统发育树，其中与每个叶子对齐的是一个基因组片段。

这是一个简单的例子，说明了我的用法和问题：

The plot_gene_map函数需要一个ade4的包phylog代表系统发育树的对象：

tree <- ade4::newick2phylog("(((A:0.08,B:0.075):0.028,(C:0.06,D:0.06):0.05):0.0055,E:0.1);")

的列表genoPlotR's dna_seg对象（本质上是data.frame具有特定列的 s），其中列表元素的名称必须与tree:

dna.segs.list <- list(A=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.A.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="red")),
                      B=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.B.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="blue")),
                      C=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.C.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="green")),
                      D=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.D.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="yellow")),
                      E=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.E.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="orange")))

以及一份清单genoPlotR's annotation提供坐标信息的对象，也根据tree leaves:

annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
  mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
  return(genoPlotR::annotation(x1=mids,x2=NA,text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=30,col="black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)

对该函数的调用是：

genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=1.3,annotation_cex=0.9,scale=F,dna_seg_scale=F)

这使：

正如您所看到的，顶部和右侧的框（基因）名称被切断。

我尝试玩pdf's width and height，将图形保存到文件时，并且边距通过par's mar，但它们没有任何效果。

1. 知道如何在不切断名称的情况下显示该图吗？

2. 现在genoPlotR's plot_gene_map没有legend选项已实施。知道如何添加图例，假设它在这些标签旁边的方块中显示这些颜色：

   data.frame(标签 = c("A","B","C","D","E"), 颜色 = c("红","蓝","绿","黄","橙子”））

很高兴您喜欢 genoPlotR。

对于您的问题，没有真正优雅的解决方案，但您可以尝试以下一些操作： - 增加annotation_height并减少annotation_cex - 增加注释功能中的旋转（“rot”） - 使用 xlims 人为地增加 dna_seg 的长度（但这是一个糟糕的黑客）

对于其余部分（包括图例），您必须使用网格及其视口。

前 3 个解决方案的混合：

annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
  mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
  return(genoPlotR::annotation(x1=mids, x2=NA, text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=75,col="black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)
genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=5,annotation_cex=0.4,scale=F,dna_seg_scale=F, xlims=rep(list(c(0,110)),5))

为了获得更好的网格解决方案：（注意调用plot_gene_map中的“plot_new=FALSE”）

# changing rot to 30
annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
 mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
return(genoPlotR::annotation(x1=mids,x2=NA,text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=30,col="black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)


# main viewport: two columns, relative widths 1 and 0.3
pushViewport(viewport(layout=grid.layout(1,2, widths=unit(c(1, 0.3), rep("null", 2))), name="overall_vp"))
# viewport with gene_map
pushViewport(viewport(layout.pos.col=1, name="geneMap"))
genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=3,annotation_cex=0.5,scale=F,dna_seg_scale=F, plot_new=FALSE)
upViewport()
# another viewport for the margin/legend
pushViewport(viewport(layout.pos.col=2, name="legend"))
plotLegend(…)
upViewport()

希望有帮助！

Lionel