我想使用 Rscript 以批处理模式运行 R 文件，但它似乎没有加载我需要的库。我收到的具体错误是：

Error in library(timeSeries) : there is no package called 'timeSeries'
Execution halted

不过我确实有包裹timeSeries并且可以从命令行从 Rstudio、RGui 和 R 加载它，没有问题。问题似乎仅出现在使用 Rscript 运行脚本时。

我的系统/环境变量配置为：

C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin\x64 (Appended to PATH)
R_HOME = C:\Program Files\R\R-3.1.0
R_User = Patrick

我在 RStudio、RGui 和 R 中从命令行运行相同版本的 R。我也检查过.Library从这三个来源也得到了相同的输出。

如何使用我在 R 中使用（并已安装）的软件包从命令行运行 Rscript？

EDIT:

我正在使用 Rscript 通过Rscript script.r在 Windows 命令行中的目录中script.r位于。

的输出Rscript -e print(.Library) is [1] "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/library"

这与我提到的其他三个选项一致：[1] "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/library"

但是，如果我将其放入我的脚本中：

print(.libPaths()) 
library(timeSeries) #This is the package that failed to load

我得到的输出是：

[1] "C:/Program Files/R/R-3.1.0/library"
Error in library(timeSeries) : there is no package called 'timeSeries'
Execution halted

RStudio 中的相应调用提供了包实际安装位​​置的附加路径：

> print(.libPaths())
[1] "C:/Users/Patrick/Documents/R/win-library/3.1" "C:/Program Files/R/R-3.1.0/library"    

  

简而言之，调用返回的值Sys.getenv('R_LIBS_USER')R.exe 中的值需要与在命令行调用此函数返回的值相同：

Rscript.exe -e "Sys.getenv('R_LIBS_USER')"

and上述值需要包含在此命令行调用中：

Rscript.exe -e ".libPaths()"

注意的价值观R_LIBS_USER如果 R.exe 和 Rscript.exe 的值不同，则 R.exe 和 Rscript.exe 之间可能不同R_USER被改变，要么在.Rprofile https://stackoverflow.com/a/11004871/1519199 or the 在用户快捷方式的目标字段中R.exe https://stackoverflow.com/a/36704981/1519199，一般来说，我发现用户库（即.libPaths()[2]) 根本没有在 Rscript.exe 中设置

因为我喜欢设定R_USER to my USERPROFILE，我在顶部包含以下块.R我希望在多台计算机上或在 Rscript.exe 中运行的文件.Rprofile (i.e. Rscript -e "path.expand('~/.Rprofile')"):

# =====================================================================
# For compatibility with Rscript.exe: 
# =====================================================================
if(length(.libPaths()) == 1){
    # We're in Rscript.exe
    possible_lib_paths <- file.path(Sys.getenv(c('USERPROFILE','R_USER')),
                                    "R","win-library",
                                    paste(R.version$major,
                                             substr(R.version$minor,1,1),
                                             sep='.'))
    indx <- which(file.exists(possible_lib_paths))
    if(length(indx)){
       .libPaths(possible_lib_paths[indx[1]])
    }
    # CLEAN UP
    rm(indx,possible_lib_paths)
}
# =====================================================================