我正在尝试构建一个 NetworkX 社交网络图CSV file https://github.com/MelissaLaurino/DolphinSocialNetwork_Laurino/blob/master/test.csv。我正在使用 Networkx 2.1 和 Python 3

我跟着这个帖子 https://stackoverflow.com/questions/43561944/how-to-create-graph-using-networkx-from-text-file没有运气，因为我不断收到错误：

AttributeError: 'list' object has no attribute 'decode'

我的目标是使重量越高的重量显示出更厚的边缘。

到目前为止，这是我的代码：

import networkx as nx
import csv

Data  = open('testest.csv', "r", encoding='utf8')
read = csv.reader(Data)
Graphtype=nx.Graph()   # use net.Graph() for undirected graph

G = nx.read_edgelist(read, create_using=Graphtype, nodetype=int, data=(('weight',float),))

for x in G.nodes():
      print ("Node:", x, "has total #degree:",G.degree(x), " , In_degree: ", G.out_degree(x)," and out_degree: ", G.in_degree(x))   
for u,v in G.edges():
      print ("Weight of Edge ("+str(u)+","+str(v)+")", G.get_edge_data(u,v))

nx.draw(G)
plt.show()

有没有更简单的方法来解决这个问题？数据比较简单。

感谢您的帮助！

你滥用了这个功能read_edgelist。来自文档 https://networkx.github.io/documentation/stable/reference/readwrite/edgelist.html，每一行需要解析一个字符串，而csv.reader将输入文件中的行解析为字符串列表（例如，202,237,1 -> ['202', '237', '1']）。所以，AttributeError被提出是因为read_edgelist正在尝试解析由提供的列表csv.reader，而它们应该是字符串。

我们可以正确解析输入文件中的图形，而无需使用csv模块。但是，我们仍然需要处理输入文件的第一行（标题），不应对其进行解析。有两种方法。第一种方法使用跳过第一行next:

Data = open('test.csv', "r")
next(Data, None)  # skip the first line in the input file
Graphtype = nx.Graph()

G = nx.parse_edgelist(Data, delimiter=',', create_using=Graphtype,
                      nodetype=int, data=(('weight', float),))

第二种方法有点“hacky”：因为第一行以target，我们标记这个字符t作为输入文件中注释的开头。

Data = open('test.csv', "r")
Graphtype = nx.Graph()

G = nx.parse_edgelist(Data, comments='t', delimiter=',', create_using=Graphtype,
                      nodetype=int, data=(('weight', float),))

在这两种方法中，我们都必须使用parse_edgelist代替read_edgelist因为输入文件使用\r对于换行符。使用read_edgelist，文件需要以二进制模式打开，其行被分割 iff换行符是\r\n or \n https://docs.python.org/3/library/io.html#io.IOBase.readline。因此输入文件\r换行符无法分割成行，因此无法正确解析。

另外，由于您想找到入度和出度，因此应使用以下命令创建图表DiGraph, not Graph.

Edit

这里的关键点是跳过输入文件中的标头。我们可以通过首先将输入文件读入pandas.DataFrame，然后我们将其转换为图表。

import networkx as nx
import pandas as pd

df = pd.read_csv('test.csv')
Graphtype = nx.Graph()
G = nx.from_pandas_edgelist(df, edge_attr='weight', create_using=Graphtype)