在 MATLAB 中更改 seqlogo 图形的 x 轴

我正在制作大量seqlogos http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html以编程方式。它们有数百列宽，因此运行seqlogo通常会创建太薄而看不清的字母。我注意到我只关心其中的一些列（不一定是连续的列）......大多数都是噪音，但有些是高度保守的。

我使用类似这个片段的东西：

wide_seqs = cell2mat(arrayfun(@randseq, repmat(200, [500 1]), 'uniformoutput', false));
wide_seqs(:, [17,30, 55,70,130]) = repmat(['ATCGG'], [500 1])

conserve_cell = seqlogo(wide_seqs, 'displaylogo', false);
high_bit_cols = any(conserve_cell{2}>1.0,1);
[~, handle] = seqlogo(wide_seqs(:,high_bit_cols ));

尽管当我这样做时，我丢失了有关数据来自哪些列的信息。

通常我只会改变 x 轴seqlogo。然而，seqlogo是某种疯狂的基于 java 的对象，调用如下：

set(handle, 'xticklabel', num2str(find(high_bit_cols)))

不工作。任何帮助将不胜感激。

谢谢， 将要

EDIT:

在赏金上，我愿意接受任何类型的更改轴标签的疯狂方法，包括（但不限于）：使用图像处理工具箱在保存后修改图像，使用文本框创建新的 seqlogo 函数，修改java代码（如果可能的话）等。我不愿意接受诸如“使用python”、“使用这个R库”或任何其他类型的非Matlab解决方案之类的东西。

好吧，我因为这个问题浪费了几个小时。看来您无法将任何 MATLAB 对象（轴或文本框）放置在该 hgjavacomponent 对象的顶部。当然，我无法修改java代码。所以我找到的唯一可行的解​​决方案是从头开始创建图形。

我不想重写代码来计算权重矩阵（符号高度），你已经这样做了。但如果您根本不想使用 MATLAB 的 seqlogo，这是可以做到的。所以我稍微改变了你的最后一行以获得矩阵：

[wm, handle] = seqlogo(wide_seqs(:,high_bit_cols ));

文本符号的问题是您无法精确控制它们的大小，无法将符号适合文本框。这可能就是 MATLAB 决定使用 java 图形对象的原因。但我们可以创建符号图像并处理它们。

以下是创建字母图像的代码：

letters = wm{1};
clr = [0 1 0; 0 0 1; 1 0.8 0;1 0 0]; % corresponding colors
for t = 1:numel(letters)
    hf = figure('position',[200 200 100 110],'color','w');
    ha = axes('parent',hf, 'visible','off','position',[0 0 1 1]);
    ht = text(50,55,letters(t),'color',clr(t,:),'units','pixels',...
        'fontsize',100,'fontweight','norm',...
        'vertical','mid','horizontal','center');
    F = getframe(hf); % rasterize the letter
    img = F.cdata;
    m = any(img < 255,3); % convert to binary image
    m(any(m,2),any(m,1))=1; % mask to cut white borders
    imwrite(reshape(img(repmat(m,[1 1 3])),[sum(any(m,2)) sum(any(m,1)) 3]),...
        [letters(t) '.png'])
    close(hf)
end

然后我们使用这些图像绘制新的 seqlogo 图：

xlabels = cellstr(num2str(find(high_bit_cols)'));
letters = wm{1};
wmat=wm{2}; % weight matrix from seqlogo
[nletters  npos] = size(wmat);
wmat(wmat<0) = 0; % cut negative values

% prepare the figure
clf
hAx = axes('parent',gcf,'visible','on');
set(hAx,'XLim',[0.5 npos+0.5],'XTick',1:npos,'XTickLabel',xlabels)
ymax = ceil(max(sum(wmat)));
ylim([0 ymax])
axpos = get(hAx,'Position');
step = axpos(3)/npos;

% place images of letters
for i=1:npos
    [wms idx] = sort(wmat(:,i)); % largest on the top
    let_show = letters(idx);
    ybot = axpos(2);
    for s=1:nletters
        if wms(s)==0, continue, end;
        axes('position',[axpos(1) ybot step wms(s)/ymax*axpos(4)])
        ybot = ybot + wms(s)/ymax*axpos(4);
        img = imread([let_show(s) '.png']);
        image(img)
        set(gca,'visible','off')
    end
    axpos(1)=axpos(1)+step;
end

结果如下：替代文本 http://img716.imageshack.us/img716/2073/seqlogoexample.png http://img716.imageshack.us/img716/2073/seqlogoexample.png

当然，代码和图形还可以进一步改进，但我希望这是您可以开始使用的东西。如果我错过了什么，请告诉我。