我使用plot()函数生成了树状图,并使用hclust()进行层次聚类。我希望为此生成一个碎石图。有什么建议么?
虽然有点晚了,但我已经有了答案。
# creating a dissimilarity matrix
res.dist <- dist(USArrests, method = "euclidean")
# creating an object of class "hclust"
res.hc <- hclust(d = res.dist, method = "ward.D2")
正如可以在hclust 的文档 https://www.rdocumentation.org/packages/stats/versions/3.5.1/topics/hclust,它是一个值列表。您可以使用以下命令检查它们
View(res.hc)
现在,可变高度正是碎石图所需的。以下代码生成屏幕图:
> ggplot(res.hc$height %>%
+ as.tibble() %>%
+ add_column(groups = length(res.hc$height):1) %>%
+ rename(height=value),
+ aes(x=groups, y=height)) +
+ geom_point() +
+ geom_line()
基本上,您所做的就是绘制多个组的高度。
(它可能不是很优雅,我很高兴听到更短的版本来产生相同的结果)。
我的结果是:
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