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为什么 R 会话特定的临时目录会在长时间运行的 R 进程中消失？

2024-02-11

R 使用 mkdtemp() 在 TMPDIR 的子目录中创建特定于会话的临时目录，并在 R 退出时删除该目录树。调用 tempfile() 和调用 pdf() 时默认使用此目录。

我发现对于一些运行时间非常长（例如 2 天）的 Rscript 作业，特定于会话的临时目录似乎消失了。我收到由plot.new() 产生的“没有这样的文件或目录”错误，或写入使用tempfile() 创建的路径时出现的类似错误。

我在几个数据集上使用了相同的代码，但我只在最大、运行时间最长的数据集上看到这个问题。最终出现错误的同一进程能够在进程的早期创建其他 PDF，因此推测临时目录在进程生命周期的某个时刻存在。另请注意，在 PDF 情况下，问题最终会导致段错误，从而在退出时清理特定于会话的临时目录之前结束 R 进程。我从核心文件中提取了特定于会话的临时目录的名称，并确认它不存在。

知道什么是删除特定于会话的临时目录吗？

显示 R 在到达临时目录清理代码之前崩溃的段错误：

#0  0x00000037ff467934 in fwrite () from /lib64/libc.so.6
#1  0x00002ae33b8c10e2 in PDF_endpage () at devPS.c:6509
#2  0x00002ae33b8c284b in PDF_Close () at devPS.c:7257
#3  0x00002ae338dbf05e in removeDevice.part.0 ()
   from /broad/software/free/Linux/redhat_6_x86_64/pkgs/r_3.3.0/lib64/R/lib/libR.so
#4  0x00002ae338dbf4c9 in Rf_KillAllDevices ()
   from /broad/software/free/Linux/redhat_6_x86_64/pkgs/r_3.3.0/lib64/R/lib/libR.so
#5  0x00002ae338ee42e4 in Rstd_CleanUp ()
   from /broad/software/free/Linux/redhat_6_x86_64/pkgs/r_3.3.0/lib64/R/lib/libR.so
#6  0x00002ae338e21947 in run_Rmainloop ()
   from /broad/software/free/Linux/redhat_6_x86_64/pkgs/r_3.3.0/lib64/R/lib/libR.so
#7  0x00000000004007bb in main () at Rmain.c:29

根据 @kba 在 Serverfault 上的回答，针对这个问题/tmp什么时候被清除？ https://serverfault.com/questions/377348/when-does-tmp-get-cleared

这取决于你的分布。在某些系统上，它仅在启动时删除，其他系统则运行 cronjobs 来删除早于n hours.

  • 在类似 Debian 的系统上：启动时（规则定义在/etc/default/rcS).
  • 在类似 RedHat 的系统上：按年龄（RHEL6）/etc/cron.daily/tmpwatch; RHEL7 和 RedHat 类似，其配置为 systemd/usr/lib/tmpfiles.d/tmp.conf, 调用者systemd-tmpfiles-clean.service).
  • 在 Gentoo 上/etc/conf.d/bootmisc.

您可以通过更改 R 工作目录来解决此问题。在你的 ~/.Renviron 文件中，输入

TEMP=~/Rworkdir

或类似的东西。 （您可能必须使用 TMP 而不是 TEMP。）这将告诉 R 在您的主目录下创建其工作目录。替换任何适合您的路径。

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r

pdf

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