过去几个月我一直在学习 R Markdown。让 Anaconda Python 在 R Markdown 脚本中运行相当容易,但我还没有找到在同一文档中运行 bash 代码块的方法。
Using
```{bash}
echo hello world
```
我收到错误消息
/bin/bash: C:\Users\MyName\AppData\Local\Temp\Rtmp0MpNfS\chunk-code-4cbc213a3545.txt:没有这样的文件或目录
你们中有人知道这个问题的根源是什么吗?
我知道也许为时已晚,但我遇到了同样的问题,并且找到了解决方案。
首先,在 Windows 8.1 中或者如果您没有适用于 Linux 的 Windows 子系统 (WSL),您可以安装Cygwin: https://cygwin.com/ > 安装 Cygwin
- 这是在中指出的建议R Markdown:权威指南 (https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/ https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/) > 2.7 其他语言引擎 > 2.7.2 Shell 脚本
其次,将 Cygwin 添加到 PATH。通常Cygwin安装在C:\cygwin64
在这种情况下,要包含的路径是C:\cygwin64\bin
第三,使用检查一切是否正确base::Sys.which("bash")
in R
- 如果一切正确,将会出现类似这样的内容
"C:\\cygwin64\\bin\\bash.exe"
第四,您可以在 Rmarkdown 文档中运行您指出要仔细检查的块:
```{bash}
echo hello world
```
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