knitr BASH 块中回显的 $PATH 缺少我的 MACOS 终端中 $PATH 的一些路径。
这是为什么？有没有什么方法可以将 knitr 中的 bash 引擎中的默认 $PATH 设置为与终端中相同？
1- 针织物：
```{bash}
echo $PATH
```
/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/Applications/VMware Fusion.app/Contents/Public:/Library/TeX/texbin:/opt/X11/bin:/选择/本地/
2- 在航站楼：
echo $PATH
/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/Users/xxx/miniconda3/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin:/usr/local/bin:/usr/bin: /bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/mysql/bin:/Applications/vcflib/bin:/Applications/bedtools
这是因为当您在 OSX/MacOS 中通过 GUI 启动 shell 时.profile (and .bash_profile, .bashrc）没有运行。本质上的区别是登录外壳 and a 非登录 shell https://unix.stackexchange.com/questions/38175/difference-between-login-shell-and-non-login-shell
在终端中，运行cat ~/.profile看看你的.profile包含。它会因用户而异，您可以根据自己的喜好自由修改。
有多种制作方法$PATH在 R 中匹配.profile一。最直接的是使用添加路径Sys.setenv(PATH=...)，但这仅适用于每个会话，当您重新启动 R 时它将被重置。一个更永久的选项是将Sys.setenv(PATH=...) in .Rprofile，或定义PATH in .Renviron.
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