rmarkdown 到 pdf 中生成未知警告

2024-01-03

我已经很高兴从 RMarkdown 文件生成 PDF 文件有一段时间了。最近,当创建PDF文件时,出现了一个我不明白的新警告——它出现only在 PDF 文件中(即 .Rmd 文件中没有显示相同消息的输出)。错误是:

## Warning in !is.null(rmarkdown::metadata$output) && rmarkdown::$output
## %in% : 'length(x) = 3 > 1' in coercion to 'logical(1)'

我从来没有见过像这样的东西,在谷歌搜索了一段时间后,我发现没有任何东西似乎有用。我在新的 R 会话中尝试过此操作,并且警告是相同的。我的所有软件包都是最新的,并且我正在运行 R 版本 4.2.1。

关于如何解决这个问题有什么想法吗?或者(因为它“只是一个警告”)如何阻止它在我的 PDF 中生成消息?

作为参考,以下是 .Rmd 文件的 yaml 部分:

---
title: "Title Notebook"
author:
   - Name
date: "Last compiled on `r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
output:
  pdf_document:
    highlight: tango
    keep_tex: yes
    number_sections: yes
    toc: yes
    fig_caption: yes
    extra_dependencies:
      array: null
      caption: null
      graphicx: null
      siunitx: null
      multirow: null
      calc: null
      tabularx: null
      threeparttable: ["para", "online", "flushleft"]
      hyperref: null
  html_notebook:
    number_sections: yes
    toc: yes
    fig_caption: yes
    df_print: paged
  html_document:
    toc: yes
    fig_caption: yes
    df_print: paged
classoption: "nopatch"

这是设置块:

```{r setup, echo = FALSE, message = FALSE, results = 'hide'}
# Packages/Libraries can go here:

# Options
knitr::opts_chunk$set(
      echo = TRUE,
#      echo = FALSE,
      collapse = TRUE,
      warning = FALSE,
      message = FALSE,
      comment = "#>",
      fig.retina = 2, # Control using dpi
      fig.width = 6,  # generated images
      fig.pos = "t",  # pdf mode
      fig.align = "center",
      dpi = 300,
      out.width = "100%",
      dev = "png",
      optipng = "-o1 -quiet")
```

要阻止在 pdf 输出中生成此警告,请添加warning=FALSE在你的设置块中,

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning = FALSE)
```

Update

现在看来kableExtra包正在创建该警告。如果我们忽略这背后的原因,暂时摆脱警告,我们可以做到这一点,

suppressWarnings(library(kableExtra))

然后我们就有了这个干净的无警告输出,

本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

rmarkdown 到 pdf 中生成未知警告 的相关文章

  • R 脚本自动化时的不同结果

    以下命令对 pdf 文件执行 Ghostscript 这pdf file变量包含该 pdf 的路径 bbox lt system paste C gs gs8 64 bin gswin32c exe sDEVICE bbox dNOPAUS
  • 如何让 print() 将参数传递给 R 中用户定义的打印方法?

    我在 R 中定义了一个 S3 类 它需要自己的打印方法 当我创建这些对象的列表并打印它时 R 按其应有的方式对列表中的每个元素使用我的打印方法 我想对打印方法实际显示的数量进行一些控制 因此 我的类的 print 方法需要一些额外的参数 但
  • 如何获得 STAN 中最大似然估计的标准误差?

    我在 Stan 中使用最大似然优化 但不幸的是optimizing 函数不报告标准错误 gt MLb4c lt optimizing get stanmodel fitb4c data win data init inits STAN OP
  • par(mfrow=c(1,2)) 不显示并排密度图[重复]

    这个问题在这里已经有答案了 par mfrow c 1 2 plot 1 12 log y plot 1 2 xaxs i 然而 当我尝试做并排密度图时 图会单独输出 load the stud recs dataset library U
  • decompose() 的周期太少[关闭]

    很难说出这里问的是什么 这个问题是含糊的 模糊的 不完整的 过于宽泛的或修辞性的 无法以目前的形式得到合理的回答 如需帮助澄清此问题以便重新打开 访问帮助中心 help reopen questions 错误看起来像这样 decompose
  • 将命名参数列表传递给函数?

    我想编写一个小函数来从适当的分布生成样本 例如 makeSample lt function n dist params values lt makeSample 100 unif list min 0 max 10 values lt m
  • R 中具有稳健回归的异常值

    我正在使用lmrobR 中的函数使用robustbase用于稳健回归的库 我会把它用作 rob reg lt lmrob y 0 dat method MM control a1 当我想返回我使用的摘要时summary rob reg 稳健
  • 如何对同一列上的数据帧列表中的所有数据帧进行排序?

    我有一个数据框列表dataframes list 举个例子 我把dput dataframes list 在底部 我想对列列表中的所有数据框进行排序enrichment 我可以对一个数据框进行排序 first dataframe lt da
  • 如何在for循环中引用变量?

    我正在循环访问不同的 data tables 和 data table 中的变量 但我在引用内部变量时遇到问题for loop dt1 lt data table a1 c 1 2 3 a2 c 4 5 2 dt2 lt data tabl
  • 使用 broom 和 tidyverse 总结 r 平方游戏

    我发布了一个问题here https stackoverflow com questions 48627287 getting adjusted r squared value for each line in a geom smooth
  • 如何从 R 运行带有特定模块的 perl 脚本?

    我可以从终端运行 perl 脚本 myperlscript pl 没有任何问题 但是 如果我尝试从 RStudio 中运行相同的 perl 脚本 则会出现以下错误 command lt myperlscript pl outputfile
  • 如何删除箱线图上的刻度线

    我试图从箱线图中删除 x 轴刻度线 但保留与刻度线关联的标签 这在基础 R 中可能吗 colors lt c lightskyblue3 gray78 gold1 wheat1 boxplot avgscore module data mi
  • R - Plm 和 lm - 固定效应

    我有一个平衡面板数据集 df 本质上由三个变量组成 A B and Y 对于一堆独特识别的区域来说 它会随着时间的推移而变化 我想运行一个回归 其中包括区域 下面等式中的区域 和时间 年份 固定效应 如果我没记错的话 我可以通过不同的方式来
  • 多功能测试仪替代 system.time

    我已经看到 我认为是这样 使用了类似于 system time 的函数 它可以同时评估多个函数的时间并输出一个输出 我不记得它是什么 并且用我正在使用的术语进行互联网搜索并没有得到我想要的响应 有人知道我正在谈论的功能的名称 位置吗 你想要
  • pyomo + 网状错误 6 句柄无效

    我正在尝试运行pyomo优化 我收到错误消息 Error 6 The handle is invalid 不知道如何解释它 环顾四周似乎与特权有关 但我不太明白 在下面找到完整的错误跟踪以及重现它的玩具示例 完整的错误跟踪 py run f
  • 使用 R 选择第一个非 NA 值

    df lt data frame ID c 1 1 1 2 3 3 3 test c NA 5 5 6 4 NA 7 3 NA 10 9 我想创建一个名为 value 的变量 它是每个单独 ID 测试的第一个非 NA 值 对于只有NA的个体
  • 将每列的值乘以 R 中另一个 data.frame 中的权重

    我有两个data frames df and weights 代码如下 df看起来像这样 id a b d EE f 1 this 0 23421153 0 02324956 0 5457353 0 73068586 0 5642554 2
  • r 中训练和测试数据的最小最大缩放/归一化

    我正在创建一个函数 它将训练集和测试集作为其参数 最小 最大缩放 标准化并返回训练集并使用这些same最小值和最小 最大范围的值 标准化并返回测试集 到目前为止 这是我想出的功能 min max scaling lt function tr
  • 将数据框中重叠的范围合并到唯一的组中

    我有一个 n 行 3 的数据框 df lt data frame start c 178 400 983 1932 33653 end c 5025 5025 5535 6918 38197 group c 1 1 2 2 3 df sta
  • 文本挖掘 pdf 文件/词频问题

    我正在尝试挖掘一篇具有丰富 pdf 编码和图表的文章的 pdf 我注意到 当我挖掘一些 pdf 文档时 我得到的高频词是 phi taeoe toe sigma gamma 等 它与某些 pdf 文档配合良好 但与其他文档配合使用时却得到这

随机推荐