R - 箱线图中的排序

我正在尝试制作一系列箱形图R由 2 个因素分组。我已经成功地绘制了图，但我无法将盒子按正确的方向排序。

我正在使用的数据场如下所示：

Nitrogen    Species    Treatment
2           G          L
3           R          M
4           G          H
4           B          L
2           B          M
1           G          H

I tried:

boxplot(mydata$Nitrogen~mydata$Species*mydata$Treatment)

这按字母顺序对盒子进行排序（前三个是“高”处理，然后在这三个中，它们按物种名称的字母顺序排序）。

我希望箱线图的顺序为“低”>“中”>“高”，然后在该物种的每个组中“G”>“R”>“B”。

所以我尝试在公式中使用一个因子：

f = ordered(interaction(mydata$Treatment, mydata$Species), 
            levels = c("L.G","L.R","L.B","M.G","M.R","M.B","H.G","H.R","H.B")

then:

boxplot(mydata$Nitrogen~f)

然而，这些框仍然以相同的顺序显示。现在标签不同了，但盒子没有移动。

我提取了每组数据并将它们单独绘制在一起：

lg = mydata[mydata$Treatment="L" & mydata$Species="G", "Nitrogen"]
mg = mydata[mydata$Treatment="M" & mydata$Species="G", "Nitrogen"]
hg = mydata[mydata$Treatment="H" & mydata$Species="G", "Nitrogen"]
etc ..

boxplot(lg, lr, lb, mg, mr, mb, hg, hr, hb)

这给出了我想要的，但我更喜欢以一种更优雅的方式来做到这一点，所以我不必为更大的数据集单独取出每个数据。

可加载数据：

mydata <-
structure(list(Nitrogen = c(2L, 3L, 4L, 4L, 2L, 1L), Species = structure(c(2L, 
3L, 2L, 1L, 1L, 2L), .Label = c("B", "G", "R"), class = "factor"), 
    Treatment = structure(c(2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L), .Label = c("H", 
    "L", "M"), class = "factor")), .Names = c("Nitrogen", "Species", 
"Treatment"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -6L))

以下命令将通过重建处理和物种因子来创建您需要的排序，并对级别进行明确的手动排序：

mydata$Treatment = factor(mydata$Treatment,c("L","M","H"))

mydata$Species = factor(mydata$Species,c("G","R","B"))

edit 1：哎呀我已将其设置为 HML 而不是 LMH。定影。

编辑2：因子(X,Y)的作用是什么：

如果您对现有因子运行因子(X,Y)，它会使用 Y 中的值的顺序来枚举因子 X 中存在的值。以下是您的数据的一些示例。

> mydata$Treatment
[1] L M H L M H
Levels: H L M
> as.integer(mydata$Treatment)
[1] 2 3 1 2 3 1
> factor(mydata$Treatment,c("L","M","H"))
[1] L M H L M H                               <-- not changed
Levels: L M H                                 <-- changed
> as.integer(factor(mydata$Treatment,c("L","M","H")))
[1] 1 2 3 1 2 3                               <-- changed

它不会改变因子乍一看的样子，但它确实改变了数据的存储方式。

这里重要的是，许多绘图函数将绘制最左边的最低枚举，然后是下一个，依此类推。

如果您简单地使用创建因子factor(X)那么通常枚举是基于因子水平的字母顺序（例如“H”、“L”、“M”）。如果您的标签采用与字母顺序不同的常规顺序（即“H”、“M”、“L”），这可能会使您的图表看起来很奇怪。

乍一看，问题似乎是由于数据框中数据的顺序造成的 - 也就是说，如果我们可以将所有“H”放在顶部，将“L”放在底部，那么它就可以工作。事实并非如此。但如果你want要让标签以与数据中第一次出现的顺序相同的顺序出现，您可以使用以下形式：

 mydata$Treatment = factor(mydata$Treatment, unique(mydata$Treatment))