awk 命令在 Snakemake --use-singularity 中失败

我正在尝试将 Snakemake 与 Singularity 结合起来，我注意到一个简单的awk使用奇点时命令不再起作用。这$1最后一行被 bash 替换，而不是被用作第一个字段awk.

这是一个最小的工作示例（蛇形锉刀):

singularity: "docker://debian:stretch"
rule all:
    input: "test.txt"
rule test:
    output: 
        "test.txt"
    shell:
        "cat /etc/passwd | awk -F':' '{{print $1}}' > {output}"

当我跑步时snakemake没有奇点，输出test.txt看起来如预期（仅包含用户名）。当我跑步时snakemake --use-singularity，该文件包含整行，例如root:x:0:0:root:/root:/bin/bash.

这是 Snakemake 的日志：

$ snakemake --use-singularity --printshellcmd                                                                                                               
Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
        count   jobs
        1       all
        1       test
        2

rule test:
    output: test.txt
    jobid: 1

cat /etc/passwd | awk -F':' '{print $1}' > test.txt
Activating singularity image /scratch/test/.snakemake/singularity/fa9c8c7220ff16e314142a5d78ad6cff.simg
Finished job 1.
1 of 2 steps (50%) done

localrule all:
    input: test.txt
    jobid: 0

Finished job 0.
2 of 2 steps (100%) done

我遇到了类似的问题，经过多次尝试和错误终于解决了。目前（2018 年 11 月，对于 Snakemake 5.3），这有点没有记录，所以我认为最好将其放在这里以供将来参考以帮助其他人......

上面的所有示例都错误地在 bash -c 中使用了双引号，这不是 Snakemake 的构造方式。相反，Snakemake 称奇点为bash -c ' modified_command '，所以单引号。 首先，这改变了命令中处理特殊字符的方式。其次，到目前为止，Snakemake 将实际命令中的所有单引号替换为转义版本 \'。然而，这仅适用于与 Singularity 一起使用时。

因此，如果您的命令包含单引号，则在使用 --use-singularity 提交或在正常模式下运行时会出现问题。据我所知，在这两种情况下都有效的唯一可行的解​​决方案如下：

shell: """awk "{{OFS="\\t"}};{{print \$2}}" {input}"""

因此，适用以下规则：

1. 不要在命令中使用单引号，否则它们会被替换，从而导致错误。
2. 对某些字符进行转义，例如将 \t 转义为 \\t，将 $ 转义为​​ \$，以及将 { 转义为 {{。
3. 使用三引号将命令行调用引起来。

我希望这会有所帮助，一旦有实施更新，我将更新这篇文章。