将图例添加到散点图 (PCA)

2023-12-29

我是 python 新手,发现了这个出色的 PCA 双图建议(在 sklearn 中绘制 PCA 载荷和双标图中的载荷(如 R 的自动图) https://stackoverflow.com/questions/39216897/plot-pca-loadings-and-loading-in-biplot-in-sklearn-like-rs-autoplot)。现在我尝试为不同目标的绘图添加图例。但命令plt.legend()不起作用。

有简单的方法吗? 例如,虹膜数据与上面链接中的双标图代码。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn import datasets
from sklearn.decomposition import PCA
import pandas as pd
from sklearn.preprocessing import StandardScaler

iris = datasets.load_iris()
X = iris.data
y = iris.target
#In general a good idea is to scale the data
scaler = StandardScaler()
scaler.fit(X)
X=scaler.transform(X)    

pca = PCA()
x_new = pca.fit_transform(X)

def myplot(score,coeff,labels=None):
    xs = score[:,0]
    ys = score[:,1]
    n = coeff.shape[0]
    scalex = 1.0/(xs.max() - xs.min())
    scaley = 1.0/(ys.max() - ys.min())
    plt.scatter(xs * scalex,ys * scaley, c = y)
    for i in range(n):
        plt.arrow(0, 0, coeff[i,0], coeff[i,1],color = 'r',alpha = 0.5)
        if labels is None:
            plt.text(coeff[i,0]* 1.15, coeff[i,1] * 1.15, "Var"+str(i+1), color = 'g', ha = 'center', va = 'center')
        else:
            plt.text(coeff[i,0]* 1.15, coeff[i,1] * 1.15, labels[i], color = 'g', ha = 'center', va = 'center')
plt.xlim(-1,1)
plt.ylim(-1,1)
plt.xlabel("PC{}".format(1))
plt.ylabel("PC{}".format(2))
plt.grid()

#Call the function. Use only the 2 PCs.
myplot(x_new[:,0:2],np.transpose(pca.components_[0:2, :]))
plt.show()

欢迎对 PCA 双图有任何建议! 还有其他代码,如果以另一种方式添加图例更容易!


我最近提出了一种向散点图添加图例的简单方法,请参阅GitHub 公关 https://github.com/matplotlib/matplotlib/pull/11127。这仍在讨论中。

同时,您需要根据中的独特标签手动创建图例y。对于他们每个人,你都会创建一个Line2D对象与散点图中使用的标记相同,并将它们作为参数提供给plt.legend.

scatter = plt.scatter(xs * scalex,ys * scaley, c = y)
labels = np.unique(y)
handles = [plt.Line2D([],[],marker="o", ls="", 
                      color=scatter.cmap(scatter.norm(yi))) for yi in labels]
plt.legend(handles, labels)
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