读取行时，awk $line

我有一个包含数字列表的文件。我有第二个文件，每个文件包含各种条目和多个字段。

我想要做的是获取第 12 个字段等于第一个数字的所有行，并将它们放入一个新文件中，然后放入第二个数字，依此类推。

我写了一句很有道理的俏皮话，但我不明白为什么它行不通。

这是数字列表：

cat truncations_list.txt

3
318
407
412
7

包含要排序的条目的文件是：

M00970:45:000000000-A42FD:1:1101:14736:1399 TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCATCGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGGAGGACCAATATGAACCANACNNNNNNNNNACTNTATCTAGGGTTCCCTGCACAGTATGTGNCC    79  TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCATCGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAA 65  GGAGGACCAATATGAACCANACNNNNNNNNNACTNTATCTAGGGTTCCCTGCACAGTATGTGNCC   79S65M  1   81  TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCATCGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGG   -2  318
M00970:45:000000000-A42FD:1:1101:15371:1399 TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCAACGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGGAGTCGGTGTTCACATGCNATNNNNNNNNNCAGNCGAACTTGATGAAGAACGTCGACGTGTNGG    83  TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCAACGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGGAG 61  TCGGTGTTCACATGCNATNNNNNNNNNCAGNCGAACTTGATGAAGAACGTCGACGTGTNGG   83S61M  1   81  TGCCCAGTGCTCTGAATGTNNNNNTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCAACGGCNGGAGTAACTATGACTCTNTTAAGG   2   407

这是我的命令：

file="truncations_list.txt"
while read line; do awk '$12==$line' R2_Output.txt >reads_$line.txt ; done <"$file"

该命令将创建所有文件“reads_412.txt”等，但所有文件都是空的。

我感谢您的帮助！

您的主要问题是 awk 程序使用单引号，因此“$line”变量永远不会扩展。快速解决方法是

awk -v num=$line '$12==num' R2_Output.txt

但是，不要这样做。您将为数字文件中的每一行读取一次输出文件。您可以通过仅读取每个文件一次来使其工作：

awk '
    # read the list of numbers in truncations_list
    FNR == NR {
        num[$1]
        next
    }

    # process each line of the output file
    # any lines with an "unknown" $12 will be ignored
    $12 in num {
        f = "reads_" $12 ".txt"
        print >> f
    }
' truncations_list.txt R2_Output.txt