knit/rmarkdown/Latex：如何交叉引用图形和表格？

我正在尝试交叉引用使用knitr/rmarkdown 生成的PDF 中的图形和表格。关于 SO 和 tex.stackexchange 有一些问题（here and here，例如），建议内联执行此操作的方法是添加\ref{fig:my_fig}, where my_fig是块标签。然而，当我在我的rmarkdown文档，我得到??图号应该在哪里。我想了解如何使交叉引用正常工作。

下面是一个可重现的示例。有两个文件：rmarkdown文件加一个header.tex我包含的文件以防万一它影响答案（尽管我是否包含相同的问题header.tex文件或不）。

In the rmarkdown文件中有三个交叉引用示例。示例 1 是交叉引用失败的图（??显示而不是图号）。还有第二个已注释掉的尝试（基于这个答案），我尝试设置图形环境、标签和标题latex块之前和之后的标记，但这会导致pandoc当我尝试编织文档时出错。错误是：

! Missing $ inserted.
<inserted text> 
                $
l.108 ![](testCrossRef_

实施例2使用xtable和交叉引用作品。实施例3用途kable并且交叉引用失败。

本文底部包含 PDF 输出的屏幕截图。

rmarkdown file

---
title: | 
  | My Title  
author: | 
  | eipi10  
  | Department of Redundancy Department  
date: "`r format(Sys.time(), '%B %e, %Y')`"
output: 
  pdf_document:
    fig_caption: yes
    includes:
      in_header: header.tex
    keep_tex: yes
fontsize: 11pt
geometry: margin=1in
graphics: yes
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, fig.height=2, fig.width=4)
```

# Example 1. Figure

This is a report. Take a look at Figure \ref{fig:fig1}.  

```{r fig1, echo=FALSE, fig.cap="This is a caption"}
plot(mtcars$wt, mtcars$mpg)
```

<!-- Now, let's take a look at this other plot in Figure \ref{fig:fig2}. -->

<!-- \begin{figure} -->
<!-- ```{r fig2, echo=FALSE} -->
<!-- plot(mtcars$cyl, mtcars$mpg) -->
<!-- ``` -->
<!-- \caption{This is another caption} -->
<!-- \label{fig:fig2} -->
<!-- \end{figure} -->

# Example 2: `xtable`

Some more text. See Table \ref{tab:tab1} below. 

```{r echo=FALSE, results="asis"}
library(xtable)
print.xtable(
  xtable(mtcars[1:3,1:4], label="tab:tab1", caption="An xtable table"), 
  comment=FALSE)
```

# Example 3: `kable`

Some more text. See Table \ref{tab:tab2} below. 

```{r tab2, echo=FALSE}
library(knitr)
kable(mtcars[1:3,1:4], caption="A `kable` table")
```

header.tex file

% Caption on top
% https://tex.stackexchange.com/a/14862/4762
\usepackage{floatrow}
\floatsetup[figure]{capposition=top}
\floatsetup[table]{capposition=top}

PDF输出

您可以使用输出格式bookdown::pdf_document2代替pdf_document，引用图形的语法是\@ref(fig:chunk-label);详细信息请参阅文档：https://bookdown.org/yihui/bookdown/figures.html