警告消息澄清

2023-12-02

我在用着SNPassoc用于查找数据 SNP 和连续变量结果之间关联的 R 包。我进行了分析并得到了结果;但是,我收到警告消息:

Warning in terms.formula(formula, data = data) :
  'varlist' has changed (from nvar=3) to new 4 after EncodeVars() -- should no longer happen!

我的模型是:

model <- WGassociation (continuous variable ~ covariate +covariate+ covariate  ,data= data)
model

我不知道这意味着什么,我应该担心还是忽略它? 你能帮我么?


此警告消息即将到来glm,其使用者为SNPassoc::WG 协会, 在 GitHub 上查看这一行.

警告消息表明它正在删除某些变量,因为它是模型中其他现有变量的线性组合。

要重现此警告,请尝试以下示例:

# data
x <- mtcars[, 1:4]

# run model, all good
glm(mpg ~ ., data = x)
# Call:  glm(formula = mpg ~ ., data = x)
# 
# Coefficients:
#   (Intercept)          cyl         disp           hp  
# 34.18492     -1.22742     -0.01884     -0.01468  
# 
# Degrees of Freedom: 31 Total (i.e. Null);  28 Residual
# Null Deviance:        1126 
# Residual Deviance: 261.4  AIC: 168

现在添加由现有变量构造的无用组合变量。

# make a combo var
cyldisp <- x$cyl + x$disp

# run model with combo var, now we get the warning
glm(mpg ~ . + cylmpg, data = x)
# Call:  glm(formula = mpg ~ . + cyldisp, data = x)
# 
# Coefficients:
#   (Intercept)          cyl         disp           hp      cyldisp  
# 34.18492     -1.22742     -0.01884     -0.01468           NA  
# 
# Degrees of Freedom: 31 Total (i.e. Null);  28 Residual
# Null Deviance:        1126 
# Residual Deviance: 261.4  AIC: 168
# Warning message:
#   In terms.formula(formula, data = data) :
#   'varlist' has changed (from nvar=4) to new 5 after EncodeVars() -- should no longer happen!
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