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通过 subprocess.Popen 在 python 中执行 R 脚本

2023-12-01

当我在 R 中执行脚本时，它是：

$ R --vanilla --args test_matrix.csv < hierarchical_clustering.R > out.txt

在Python中，如果我使用：

process = subprocess.call("R --vanilla --args "+output_filename+"_DM_Instances_R.csv < /home/kevin/AV-labels/Results/R/hierarchical_clustering.R > "+output_filename+"_out.txt", shell=True)

但这个方法并没有提供process.wait()功能。

所以，我想使用subprocess.Popen， 我试过：

process = subprocess.Popen(['R', '--vanilla', '--args', "\'"+output_filename+"_DM_Instances_R.csv\'",  '<', '/home/kevin/AV-labels/Results/R/hierarchical_clustering.R'])

但它不起作用，Python只是打开了R但没有执行我的脚本。


为其提供 Rscript 的路径，而不是“R”。我有同样的问题。打开 R 但不执行我的脚本。您需要调用 Rscript（而不是 R）来实际执行脚本。

retcode = subprocess.call("/Pathto/Rscript --vanilla /Pathto/test.R", shell=True)

这对我有用。

Cheers!

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