将 R 中的绘图保存为 GIF

在R中，我使用函数savePlot将图形保存到图像文件中。但我的同事只能打开 .jpg 和 .gif（可能是因为他正在度假，正在用手机阅读电子邮件）。我讨厌创建 jpeg，因为尤其是箱线图看起来非常丑陋（胡须模糊等）。但是savePlot函数仅支持以下类型：

type = c("wmf", "emf", "png", "jpg", "jpeg", "bmp",
                  "tif", "tiff", "ps", "eps", "pdf")

如何在 R 中保存 GIF 格式的图？

编辑：如果可能，理想的解决方案应该在不安装 ImageMagick 的情况下工作（以便 R 脚本易于移植）。

R 没有本机 GIF 图形驱动程序，主要（完全？）由于 GIF 格式的专利负担：请参阅http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/05/02/12809.html .

里面有一个函数caTools包裹 （write.gif()）但它是专门为写入图像而设计的。如果你想使用它，你必须先做一些 hacky 将你的绘图转换为图像（例如保存为 PNG，然后将其读回 R 作为图像）。例如：

png("myPlot.png")
plot(rnorm(1000),rnorm(1000))
dev.off()
library(png)
P1 <- readPNG("myPlot.png")
library(caTools)
write.gif(P1,"myPlot.gif")
showGIF <- function(fn) system(paste("display",fn))
showGIF("myPlot.gif")
unlink("myPlot.gif")  ## clean up

?write.gif()有很多关于颜色索引的内容我没有读过，但这对于更复杂的图表可能很重要......

The animation包有一个saveGIF()函数来保存 GIF，但是（1）它是为保存多帧动画（不是一般图形）而设计的，（2）它是通过调用 ImageMagick 来实现的。

自己构建该函数会更容易。

• 安装 ImageMagick (http://imagemagick.org)
• 保存为PNG，然后使用ImageMagick 进行转换。

例如：

png("myPlot.png")
plot(rnorm(1000),rnorm(1000))
dev.off()
system("convert myPlot.png myPlot.gif")
unlink("myPlot.png") ## clean up
showGIF("myPlot.gif")
unlink("myPlot.gif") ## clean up

当然，如果您想经常使用它们，您可以在函数中使用其中任何一个。

UPDATE：我花了更长的时间来尝试获得纯 R 解决方案，但还没有有效的解决方案。欢迎提出建议或修改...

## needs ImageMagick: just for testing ...
showGIF <- function(fn) system(paste("display",fn))

主要功能：

saveGIF <- function(fn,verbose=FALSE,debug=FALSE) {
    require(png)
    require(caTools)
    tmpfn <- tempfile()
    on.exit(unlink(tmpfn))
    savePlot(tmpfn,type="png")
    P1 <- readPNG(tmpfn)
    dd <- dim(P1)
    P1 <- aperm(P1,c(3,1,2),resize=TRUE)  ## P1[,1,15]
    dim(P1) <- c(dd[3],prod(dd[1:2]))
    P1 <- t(P1)
    if (verbose) cat("finding unique colours ...\n")
    P1u <- unique(P1)
    rgbMat <- function(x) {
        rgb(x[,1],x[,2],x[,3])
    }
    if (verbose) cat("creating colour index ...\n")
    pp <- paste(P1[,1],P1[,2],P1[,3],sep=".")
    ## make sure factor is correctly ordered
    ind <- as.numeric(factor(pp,levels=unique(pp))) 
    if (verbose) cat("finding colour palette ...\n")
    if (nrow(P1u)>256) {
        if (verbose) cat("kmeans clustering ...\n")
        kk <- kmeans(P1u,centers=256)
        ind <- kk$cluster[ind]
        pal <- rgbMat(kk$centers)
    } else {
        pal <- rgbMat(P1u)
    }
    ## test:
    if (debug) {
        dev.new()
        par(mar=rep(0,4))
        image(t(matrix(ind-1,nrow=dd[1])),col=pal,axes=FALSE,ann=FALSE)
    }
    if (verbose) cat("writing GIF ...\n")
    indmat <- matrix(ind-1,nrow=dd[1])
    storage.mode(indmat) <- "integer"
    write.gif(indmat,fn,col=as.list(pal),scale="never")
}


X11.options(antialias="none")
image(matrix(1:64,nrow=8),col=rainbow(10))
saveGIF("tmp.gif",verbose=TRUE,debug=TRUE)
showGIF("tmp.gif")