R list.files(my_working_directory) 显示没有文件，但我知道它们在那里。怎么修？

我正在尝试使用外部硬盘驱动器中的目录作为工作目录来使用 R。我可以将工作目录设置到我想要的位置，但是当我使用list.filesR什么也看不到。我也无法使用read.delim加载文件。

例如：

> rm(list = ls())
> WD<-"../../../Volumes/My_HD/my_working_directory" 
> setwd(WD) 
> getwd()
[1] "/Volumes/My_HD/my_working_directory"

到目前为止一切顺利，但是接下来：

> list.files(WD)
character(0)

虽然我希望得到一个我知道的文件列表，并且我可以使用 Finder 和终端查看和打开这些文件。实际上 R 脚本本身就在该目录中。

如果我尝试打开一个文件，我会得到类似这样的信息：

> myfile <- read.delim(paste(WD,"/file_name", sep = ""), header = T)
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
cannot open file '../../../Volumes/My_HD/my_working_directory/file_name': No such file or directory

我以为我在指定目录路径时做错了什么，但我尝试从 RStudio 中进行点击（会话>设置工作目录和>到源文件位置或>选择目录...）并得到相同的令人不满意的结果。

我在 MacBookPro (OS X 10.7.05) 上使用 R 版本 2.15.1。我正在从 RStudio 版本 0.97.551 运行 R，但问题与 RStudio 无关，因为当我直接尝试 R 时也会发生这种情况。

任何帮助将非常感激。谢谢。

因为我认为您希望在路径中保持一些相对性，并且因为您正在使用 RStudio，所以我将分享一种我经常使用的策略。如果我正确地猜测了您要寻找的内容，这应该完全回避这个问题。

首先从 RStudio 中创建一个新项目。打开该项目后，您会发现您的工作目录getwd()将方便地设置在您的项目文件所在的位置。

如果您正在做一些更大的事情，您可以通过使用“项目模板”包让自己取得成功。在我的系统上：

# install.packages(c("ProjectTemplate"))
library(ProjectTemplate)
create.project("~/Desktop/MyProject")

这将设置一个项目框架，其中包含单元测试文件夹、文档文件夹以及“正确的”R 项目可能需要的所有其他内容。

接下来，我从 RStudio 创建一个项目，如上所述。从现有目录创建它。该项目将打开，所有路径都将相对于“MyProject”文件夹的根目录。

我还喜欢在使用时初始化 git 存储库。从 OS X 终端窗口：

$ cd ~/Desktop/MyProject; git init

...然后添加/提交裸骨架

$ git add * ; git commit -m "initial project skeleton"

从 RStudio 会话中，您可以加载与项目根目录相关的内容。假设您的数据子文件夹中有 iris.csv：

read.csv("./data/iris.csv", header=TRUE)